HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

Multiple de novo variants in the MACF1 gene, including several missense variants, have been identified in ASD probands (Iossifov et al., 2014; Yuen et al., 2017; Satterstrom et al., 2020; Zhou et al., 2022), while inherited missense variants in this gene were identified in at least two diagnosed autistic individuals and absent in all non-autistic individuals in two separate multiplex ASD families in More et al., 2023. Heterozygous mutations in MACF1 are responsible for lissencephaly-9 with complex brainstem malformation (LIS9; OMIM 618325), an autosomal dominant neurologic disorder characterized by global developmental delay apparent since infancy, impaired intellectual development with poor or absent speech, and sometimes abnormal or involuntary movements associated with abnormal brain imaging that typically shows pachygyria, lissencephaly, and malformation of the brainstem consistent with a neuronal migration defect (Dobyns et al., 2018); two of the eight individuals with this disorder in this report presented with hand stereotypies. Macf1-mutant mice have been shown to exhibit social deficits and aberrant emotional behaviors (Ka et al., 2022).

Molecular Function

This gene encodes a large protein containing numerous spectrin and leucine-rich repeat (LRR) domains. The encoded protein is a member of a family of proteins that form bridges between different cytoskeletal elements. This protein facilitates actin-microtubule interactions at the cell periphery and couples the microtubule network to cellular junctions. Deletion of Macf1 in the mouse cerebral cortex during cortical development results in double cortex/subcortical band heterotopia and disrupted cortical lamination (Ka et al., 2022).

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Identification of MACF1 as a causative gene of generalised epilepsy
Epilepsy/seizures
ASD, DD, ID
Support
Both rare and common genetic variants contribute to autism in the Faroe Islands.
ASD
Support
Genomic insights from a deeply phenotyped highly consanguineous neurodevelopmental disorders cohort
ASD, DD
Support
Lissencephaly-9 with complex brainstem malformatio
Stereotypy
Support
Whole genome sequencing analysis identifies sex differences of familial pattern contributing to phenotypic diversity in autism
ASD
Support
Integrative Analyses of De Novo Mutations Provide Deeper Biological Insights into Autism Spectrum Disorder.
ASD
Support
Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder
ASD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Lissencephaly-9 with complex brainstem malformatio
Social deficits
Support
Deleterious coding variation associated with autism is shared across ancestries.
ASD
Support
Large-Scale Exome Sequencing Study Implicates Both Developmental and Functional Changes in the Neurobiology of Autism
ASD
Recent Recommendation
A clinical and genotype-phenotype analysis of MACF1 variants
Lissencephaly 9 with complex brainstem malformatio
ASD

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1390R001 
 missense_variant 
 c.6991A>G 
 p.Met2331Val 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R002 
 synonymous_variant 
 c.427C>T 
 p.Leu143= 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R003 
 missense_variant 
 c.18004G>A 
 p.Glu6002Lys 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN1390R004 
 stop_gained 
 c.10801C>T 
 p.Arg3601Ter 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN1390R005 
 synonymous_variant 
 c.12480T>C 
 p.Ile4160= 
 De novo 
  
  
 GEN1390R006 
 intron_variant 
 c.4629+6036_4629+6037dup 
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R007 
 intron_variant 
 c.4629+3858A>G 
  
 De novo 
  
  
 GEN1390R008 
 intron_variant 
 c.4629+8163_4629+8164del 
  
 De novo 
  
  
 GEN1390R009 
 missense_variant 
 c.7366A>G 
 p.Lys2456Glu 
 De novo 
  
  
 GEN1390R010 
 missense_variant 
 c.11308A>G 
 p.Met3770Val 
 De novo 
  
  
 GEN1390R011 
 missense_variant 
 c.11584_11585delinsAT 
 p.Gln3862Ile 
 De novo 
  
  
 GEN1390R012 
 missense_variant 
 c.8941G>T 
 p.Ala2981Ser 
 Familial 
  
 Multiplex 
 GEN1390R013 
 missense_variant 
 c.2444G>T 
 p.Cys815Phe 
 Familial 
  
 Multiplex 
 GEN1390R014 
 missense_variant 
 c.15530G>T 
 p.Cys5177Phe 
 De novo 
  
  
 GEN1390R015 
 missense_variant 
 c.15530G>T 
 p.Cys5177Phe 
 De novo 
  
  
 GEN1390R016 
 missense_variant 
 c.15682G>T 
 p.Asp5228Tyr 
 De novo 
  
  
 GEN1390R017 
 missense_variant 
 c.15682G>T 
 p.Asp5228Tyr 
 De novo 
  
  
 GEN1390R018 
 missense_variant 
 c.15689G>T 
 p.Cys5230Phe 
 De novo 
  
 Multiplex (monozygotic twins) 
 GEN1390R019 
 missense_variant 
 c.15688T>G 
 p.Cys5230Gly 
 De novo 
  
  
 GEN1390R020 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1390R021 
 missense_variant 
 c.14116G>C 
 p.Gly4706Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1390R022 
 frameshift_variant 
 c.14386del 
 p.Gln4796SerfsTer10 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R023 
 missense_variant 
 c.2342C>T 
 p.Thr781Ile 
 De novo 
  
  
 GEN1390R024 
 missense_variant 
 c.16462A>C 
 p.Ile5488Leu 
 De novo 
  
  
 GEN1390R025 
 missense_variant 
 c.17495T>C 
 p.Met5832Thr 
 De novo 
  
  
 GEN1390R026 
 missense_variant 
 c.3005A>C 
 p.Gln1002Pro 
 Unknown 
  
  
 GEN1390R027 
 missense_variant 
 c.9905A>G 
 p.Asn3302Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R028 
 missense_variant 
 c.14740C>T 
 p.Arg4914Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R029a 
 missense_variant 
 c.1556T>C 
 p.Leu519Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R029b 
 missense_variant 
 c.11118T>A 
 p.Asp3706Glu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R030a 
 missense_variant 
 c.3014G>A 
 p.Arg1005His 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R030b 
 missense_variant 
 c.7160A>G 
 p.His2387Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R031a 
 missense_variant 
 c.3698G>A 
 p.Arg1233His 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R031b 
 missense_variant 
 c.2908G>T 
 p.Val970Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R032a 
 missense_variant 
 c.5503G>A 
 p.Glu1835Lys 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R032b 
 missense_variant 
 c.8498A>T 
 p.Gln2833Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R033a 
 missense_variant 
 c.6592A>T 
 p.Asn2198Tyr 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R033b 
 missense_variant 
 c.6245A>G 
 p.Gln2082Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R034a 
 missense_variant 
 c.9617T>C 
 p.Leu3206Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R034b 
 missense_variant 
 c.9292G>A 
 p.Glu3098Lys 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R035a 
 missense_variant 
 c.14785C>A 
 p.Leu4929Met 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R035b 
 missense_variant 
 c.6245A>G 
 p.Gln2082Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R036a 
 missense_variant 
 c.16180G>A 
 p.Ala5394Thr 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1390R036b 
 missense_variant 
 c.12404C>T 
 p.Ala4135Val 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1390R037 
 missense_variant 
 c.21389G>A 
 p.Cys7130Tyr 
 De novo 
  
  
 GEN1390R038 
 missense_variant 
 c.21389G>C 
 p.Cys7130Ser 
 De novo 
  
  
 GEN1390R039 
 missense_variant 
 c.21394T>C 
 p.Cys7132Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN1390R040 
 missense_variant 
 c.21394T>C 
 p.Cys7132Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1390R041 
 missense_variant 
 c.21547G>T 
 p.Asp7183Tyr 
 Unknown 
  
  
 GEN1390R042 
 missense_variant 
 c.21553T>C 
 p.Cys7185Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN1390R043 
 missense_variant 
 c.21440G>C 
 p.Arg7147Pro 
 De novo 
  
  
 GEN1390R044 
 missense_variant 
 c.21131T>C 
 p.Met7044Thr 
 De novo 
  
  
 GEN1390R045 
 missense_variant 
 c.21284A>G 
 p.Asp7095Gly 
 De novo 
  
  
 GEN1390R046a 
 stop_gained 
 c.70C>T 
 p.Arg24Ter 
 Familial 
 Both parents 
  
 GEN1390R047a 
 missense_variant 
 c.916G>A 
 p.Gly306Arg 
 Familial 
  
  
 GEN1390R047b 
 missense_variant 
 c.2033A>G 
 p.His678Arg 
 Familial 
  
  
 GEN1390R048a 
 missense_variant 
 c.2870T>G 
 p.Leu957Arg 
 Familial 
  
  
 GEN1390R048b 
 missense_variant 
 c.19393G>A 
 p.Ala6465Thr 
 Familial 
  
  
 GEN1390R049a 
 missense_variant 
 c.2885A>G 
 p.Tyr962Cys 
 Familial 
 Both parents 
 Multiplex 
 GEN1390R050a 
 missense_variant 
 c.3065T>G 
 p.Val1022Gly 
 Familial 
 Both parents 
  
 GEN1390R051a 
 inframe_deletion 
 c.3551_3553del 
 p.Glu1184del 
 Familial 
  
  
 GEN1390R051b 
 missense_variant 
 c.16879C>T 
 p.Arg5627Cys 
 Familial 
  
  
 GEN1390R052a 
 missense_variant 
 c.4060C>A 
 p.Leu1354Met 
 Familial 
 Both parents 
  
 GEN1390R053a 
 missense_variant 
 c.12782T>C 
 p.Ile4261Thr 
 Familial 
 Both parents 
  
 GEN1390R054a 
 missense_variant 
 c.18624T>G 
 p.Ile6208Met 
 Familial 
 Both parents 
  
 GEN1390R055a 
 missense_variant 
 c.1931G>T 
 p.Gly644Val 
 Familial 
  
  
 GEN1390R055b 
 missense_variant 
 c.20772G>A 
 p.Met6924Ile 
 Familial 
  
  
 GEN1390R056 
 missense_variant 
 c.2566G>A 
 p.Val856Ile 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1390R057 
 missense_variant 
 c.4118G>A 
 p.Arg1373His 
 Unknown 
  
  
 GEN1390R058 
 splice_site_variant 
 c.10831-1G>A 
 p.? 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1390R059a 
 missense_variant 
 c.11042A>C 
 p.Glu3681Ala 
 Familial 
  
  
 GEN1390R059b 
 missense_variant 
 c.14276A>C 
 p.Ile4759Thr 
 Familial 
  
  
 GEN1390R060 
 missense_variant 
 c.14957G>A 
 p.Arg4986Gln 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1390R061a 
 missense_variant 
 c.15188T>A 
 p.Val5063Glu 
 Familial 
  
  
 GEN1390R061b 
 missense_variant 
 c.16481T>G 
 p.Ile5494Ser 
 Familial 
  
  
 GEN1390R062 
 intron_variant 
 G>A 
  
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1390R063 
 missense_variant 
 c.16613G>A 
 p.Gly5538Asp 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1390R064 
 missense_variant 
 c.17630G>A 
 p.Arg5877His 
 Familial 
  
  
 GEN1390R065 
 stop_gained 
 c.20314C>T 
 p.Arg6772Ter 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1390R066 
 missense_variant 
 c.112C>A 
 p.Pro38Thr 
 Unknown 
  
 Multiplex 
 GEN1390R067 
 intron_variant 
 c.543+11432C>T 
 p.? 
 De novo 
  
  
 GEN1390R068 
 missense_variant 
 c.2069C>T 
 p.Thr690Ile 
 De novo 
  
  
 GEN1390R069 
 missense_variant 
 c.3958A>G 
 p.Thr1320Ala 
 De novo 
  
  
 GEN1390R070 
 missense_variant 
 c.13795A>C 
 p.Met4599Leu 
 De novo 
  
  
 GEN1390R071 
 frameshift_variant 
 c.1163del 
 p.Gly388AlafsTer23 
 Unknown 
  
  
 GEN1390R072 
 splice_site_variant 
 c.3961-2A>G 
 p.? 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1390R073 
 frameshift_variant 
 c.4418del 
 p.Glu1473GlyfsTer2 
 De novo 
  
  
 GEN1390R074 
 frameshift_variant 
 c.15192_ 15207del 
 p.Gln5065ArgfsTer2 
 Unknown 
  
 Multiplex 
 GEN1390R075 
 stop_gained 
 c.18994C>T 
 p.Gln6332Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1390R076 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1390R077 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1390R078 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1390R079 
 missense_variant 
 c.7588G>A 
 p.Glu2530Lys 
 De novo 
  
  
 GEN1390R080 
 missense_variant 
 c.226C>T 
 p.Arg76Trp 
 De novo 
  
  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
1
Duplication
 1
 
1
Deletion-Duplication
 11
 
1
Duplication
 1
 
1
Deletion
 3
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.