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Relevance to Autism

TADA analysis of >15,000 Latin American individuals from the GALA Consortium (including 4,717 participants with an ASD diagnosis) in Natividad Avila et al., 2026 identified GSE1 as one of 35 genes reaching genome-wide significance (FDR < 0.05); among the Admixed American (AMR) individuals wtih ASD described in this report were three SPARK probands with de novo loss-of-function variants (one of whom was previously reported in Fu et al., 2022) and a Simons Simplex Collection proband with a de novo synonymous variant originally described in Iossifov et al., 2014. Additional de novo missense variants in this gene were reported in non-AMR ASD probands from the Simons Simplex Collection, the SPARK cohort, and the Sanger_UK10K cohort, as well as in an ASD proband from the MSSNG cohort (De Rubeis et al., 2014; Iossifov et al., 2014; Yuen et al., 2017; Zhou et al., 2022). Inherited loss-of-function and damaging missense (Mis3) variants in GSE1 have also been reported in ASD probands from the Autism Sequencing Consortium and the mAGRE cohort (De Rubeis et al., 2014; Cirnigliaro et al., 2023).

Molecular Function

This gene encodes a proline-rich protein with coiled coil domains that may be a subunit of a BRAF35-HDAC (BHC) histone deacetylase complex. This gene may function as an oncogene in breast cancer and enhanced expression of the encoded protein has been observed in breast cancer patients. GSE1 has been shown to link the HDAC1/CoREST co-repressor complex to DNA damage (Vcelkova et al., 2023).

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Deleterious coding variation associated with autism is shared across ancestries.
ASD
Support
Rare coding variation provides insight into the genetic architecture and phenotypic context of autism
ASD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder
ASD
Support
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Genomic landscape of rare variants in a Chinese autism cohort and discovery of novel risk genes.
ASD
Support
Synaptic, transcriptional and chromatin genes disrupted in autism.
ASD
Support
GSE1 links the HDAC1/CoREST co-repressor complex to DNA damage.

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1545R001 
 missense_variant 
 c.283T>C 
 p.Ser95Pro 
 De novo 
  
  
 GEN1545R002 
 missense_variant 
 c.1102G>A 
 p.Glu368Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R003 
 missense_variant 
 c.1508G>A 
 p.Arg503Gln 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R004 
 synonymous_variant 
 c.2580C>T 
 p.Phe860= 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R005 
 missense_variant 
 c.3296G>A 
 p.Arg1099Gln 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN1545R006 
 splice_region_variant 
 c.990-3C>T 
 p.? 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN1545R007 
 missense_variant 
 c.1385A>G 
 p.His462Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R008 
 synonymous_variant 
 c.1932C>T 
 p.Ala644= 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R009 
 missense_variant 
 c.3389T>C 
 p.Phe1130Ser 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN1545R010 
 inframe_insertion 
 16:g.85656366G>GGCGGGAGAGGGAGCGCGA 
  
 De novo 
  
  
 GEN1545R011 
 frameshift_variant 
 c.1056_1057insC 
 p.Ala353ArgfsTer2 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R012 
 synonymous_variant 
 c.1806C>G 
 p.Pro602= 
 De novo 
  
 Unknown 
 GEN1545R013 
 frameshift_variant 
 c.366del 
 p.Val123TrpfsTer2 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1545R014 
 frameshift_variant 
 c.366del 
 p.Val123TrpfsTer2 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN1545R015 
 splice_site_variant 
  
  
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R016 
 missense_variant 
  
 p.Phe176Leu 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R017 
 missense_variant 
  
 p.Arg712Lys 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R018 
 missense_variant 
  
 p.Arg712Lys 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R019 
 missense_variant 
  
 p.Arg776Lys 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R020 
 missense_variant 
  
 p.Arg1017His 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R021 
 missense_variant 
  
 p.Ser1065Tyr 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R022 
 missense_variant 
  
 p.Arg399Gly 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R023 
 missense_variant 
  
 p.phe1018Val 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R024 
 missense_variant 
  
 p.Lys1056Glu 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R025 
 missense_variant 
  
 p.Leu16Phe 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R026 
 missense_variant 
  
 p.Pro104Ser 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R027 
 missense_variant 
  
 p.Asp165Tyr 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R028 
 missense_variant 
  
 p.Pro505Leu 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R029 
 missense_variant 
  
 p.Ser606Leu 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R030 
 missense_variant 
  
 p.Arg609Trp 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R031 
 missense_variant 
  
 p.Arg609Trp 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R032 
 missense_variant 
  
 p.Arg715Trp 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1545R033 
 missense_variant 
  
 p.Pro723Leu 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R034 
 missense_variant 
  
 p.Ser724Leu 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R035 
 missense_variant 
  
 p.Pro810Ser 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1545R036 
 missense_variant 
  
 p.Ser32Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R037 
 missense_variant 
  
 p.Arg137Met 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R038 
 missense_variant 
  
 p.Phe176Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R039 
 missense_variant 
  
 p.Pro550Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R040 
 missense_variant 
  
 p.Pro678Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R041 
 missense_variant 
  
 p.Arg712Lys 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R042 
 missense_variant 
  
 p.Arg732Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R043 
 missense_variant 
  
 p.Pro1017Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R044 
 missense_variant 
  
 p.Arg1053Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R045 
 missense_variant 
  
 p.Lys1109Asn 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R046 
 missense_variant 
  
 p.Pro428Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R047 
 missense_variant 
  
 p.His504Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R048 
 missense_variant 
  
 p.Arg535Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R049 
 missense_variant 
  
 p.Pro810Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN1545R050 
 missense_variant 
  
  
 Unknown 
  
  
 GEN1545R051 
 missense_variant 
  
  
 Unknown 
  
  
 GEN1545R052 
 missense_variant 
  
  
 Unknown 
  
  
 GEN1545R053 
 frameshift_variant 
 c.1053_1054del 
 p.Glu352GlyfsTer2 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1545R054 
 frameshift_variant 
 c.1053_1054del 
 p.Glu352GlyfsTer2 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1545R055 
 synonymous_variant 
 c.2628C>T 
 p.Ser876= 
 De novo 
  
 Simplex 

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
16
Duplication
 1
 
16
Duplication
 2
 
16
Deletion
 1
 
16
Duplication
 6
 
16
Deletion
 6
 
16
Duplication
 1
 
16
Deletion
 5
 
16
Deletion
 1
 
16
Duplication
 1
 
16
Deletion-Duplication
 21
 
16
Deletion
 2
 
16
Deletion-Duplication
 3
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
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