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Relevance to Autism

A de novo loss-of-function (LoF) variant in the UBN2 gene was first identified in an ASD proband from the Simons Simplex Collection (Iossifov et al., 2014). A second de novo LoF variant in this gene was identified by whole genome sequencing in an ASD proband from a multiplex family as part of the MSSNG initiative in Yuen et al., 2017. Based on the discovery of two de novo LoF variants in ASD cases, a probability of LoF intolerance rate (pLI) > 0.9, and a higher-than expected mutation rate (a false discovery rate < 15%), UBN2 was determined to be an ASD candidate gene in Yuen et al., 2017.

Molecular Function

This gene encodes a protein of unknown function.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Phenotype-to-genotype approach reveals head-circumference-associated genes in an autism spectrum disorder cohort.
ASD
Macrocephaly
Support
Synaptic, transcriptional and chromatin genes disrupted in autism.
ASD
Recent Recommendation
Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder
ASD

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN887R001 
 frameshift_variant 
 c.3189del 
 p.Ser1064LeufsTer34 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN887R002 
 missense_variant 
 c.2165C>G 
 p.Ala722Gly 
 De novo 
  
  
 GEN887R003 
 stop_gained 
 c.1735C>T 
 p.Arg579Ter 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN887R004 
 splice_site_variant 
 G>A 
 p.? 
 Familial 
  
 Simplex 
 GEN887R005 
 frameshift_variant 
 c.3449dup 
 p.Asn1151LysfsTer26 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R006 
 missense_variant 
 G>A 
 p.Glu833Lys 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN887R007 
 missense_variant 
 c.2746G>A 
 p.Glu916Lys 
 Familial 
 Paternal 
 Multiplex 
 GEN887R008 
 missense_variant 
 c.2746G>A 
 p.Glu916Lys 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R009 
 missense_variant 
 c.1433T>C 
 p.Phe478Ser 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN887R010 
 missense_variant 
 c.2336A>G 
 p.Asn779Ser 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R011 
 missense_variant 
 c.2336A>G 
 p.Asn779Ser 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R012 
 missense_variant 
 c.3308A>G 
 p.His1103Arg 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R013 
 missense_variant 
 c.1387C>T 
 p.Leu463Phe 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R014 
 missense_variant 
 c.2056C>T 
 p.Pro686Ser 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R015 
 missense_variant 
 c.2884C>T 
 p.Pro962Ser 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN887R016 
 missense_variant 
 c.754A>G 
 p.Thr252Ala 
 Unknown 
  
  
 GEN887R017 
 missense_variant 
 c.1589A>G 
 p.Asn530Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN887R018 
 missense_variant 
 c.2057C>G 
 p.Pro686Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN887R019 
 missense_variant 
 c.2067G>C 
 p.Lys689Asn 
 Unknown 
  
  
 GEN887R020 
 missense_variant 
 c.1870T>C 
 p.Tyr624His 
 Unknown 
  
  
 GEN887R021 
 missense_variant 
 c.2746G>A 
 p.Glu916Lys 
 Unknown 
  
  
 GEN887R022 
 missense_variant 
 c.1603C>T 
 p.Arg535Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN887R023 
 frameshift_variant 
 c.2960_2963dup 
 p.Pro989LeufsTer15 
 De novo 
  
  
 GEN887R024 
 missense_variant 
 c.140C>A 
 p.Ala47Asp 
 De novo 
  
  
 GEN887R025 
 inframe_deletion 
 c.270_284del 
 p.Arg92_Pro96del 
 De novo 
  
  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
7
Deletion
 2
 
7
Duplication
 1
 
7
Deletion
 1
 
7
Duplication
 1
 
7
Deletion
 1
 
7
Deletion
 2
 
7
Deletion
 1
 
7
Duplication
 1
 
7
Deletion-Duplication
 20
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
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