HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

A de novo loss-of-function variant and multiple de novo missense variants in the TRRAP gene have been observed in ASD probands (Iossifov et al., 2014; Yuen et al., 2017), while multiple de novo missense variants in this gene have also been identified in probands with unspecified developmental disorders (Deciphering Developmental Disorders Study 2017) or epilepsy (Epi4K Consortium 2013). An integrated meta-analysis of de novo mutation data from a combined dataset of 10,927 individuals with neurodevelopmental disorders identified TRRAP as a gene with an excess of missense variants (false discovery rata < 5%, count >1) (Coe et al., 2018). Cogne et al., 2019 reported 24 individuals with 17 distinct de novo or apparently de novo missense variants that presented with two distinct clinical spectra: the first was a complex multi-systemic syndrome associated with various malformations of the brain, heart, kidneys and genitourinary system and a wide range of intellectual functioning in individuals with variants clustered between animo acids 1031 and 1159; the second spectrum manifested with autism spectrum disorder and/or intellectual disability and epilepsy in individuals with variants outside of this region.

Molecular Function

This gene encodes a large multidomain protein of the phosphoinositide 3-kinase-related kinases (PIKK) family. The encoded protein is a common component of many histone acetyltransferase (HAT) complexes and plays a role in transcription and DNA repair by recruiting HAT complexes to chromatin.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
De novo variant of TRRAP in a patient with very early onset psychosis in the context of non-verbal learning disability and obsessive-compulsive dis...
Depression, psychosis
Support
ASD
DD, ID
Support
Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder
ASD
Support
Prevalence and architecture of de novo mutations in developmental disorders
DD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
De novo mutations in epileptic encephalopathies.
Epilepsy/seizures
Support
Rare variants in the outcome of social skills group training for autism
ASD
Support
De Novo Damaging DNA Coding Mutations Are Associated With Obsessive-Compulsive Disorder and Overlap With Tourette's Disorder and Autism.
OCD
Support
Inherited and multiple de novo mutations in autism/developmental delay risk genes suggest a multifactorial model.
ASD
Recent Recommendation
Recent Recommendation
Missense Variants in the Histone Acetyltransferase Complex Component Gene TRRAP Cause Autism and Syndromic Intellectual Disability.
DD, ID
ASD
Recent Recommendation
Neurodevelopmental disease genes implicated by de novo mutation and copy number variation morbidity.

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1069R001 
 missense_variant 
 c.1195G>A 
 p.Val399Ile 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R002 
 missense_variant 
 c.5575C>T 
 p.Arg1859Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R003 
 missense_variant 
 c.11461C>T 
 p.Arg3821Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R004 
 frameshift_variant 
 c.7950_7951insAGATAAG 
 p.Glu2651ArgfsTer2 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R005 
 missense_variant 
 c.310G>A 
 p.Glu104Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R006 
 missense_variant 
 c.3652G>A 
 p.Ala1218Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R007 
 missense_variant 
 c.5596T>A 
 p.Trp1866Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1069R008 
 missense_variant 
 c.5598G>T 
 p.Trp1866Cys 
 De novo 
  
  
 GEN1069R009 
 missense_variant 
 c.4634C>T 
 p.Ala1545Val 
 De novo 
  
  
 GEN1069R010 
 missense_variant 
 c.10096C>G 
 p.His3366Asp 
 De novo 
  
  
 GEN1069R011 
 missense_variant 
 c.3337G>A 
 p.Val1113Met 
 De novo 
  
  
 GEN1069R012 
 missense_variant 
 c.7697C>G 
 p.Ala2566Gly 
 De novo 
  
  
 GEN1069R013 
 missense_variant 
 c.3311A>G 
 p.Glu1104Gly 
 De novo 
  
  
 GEN1069R014 
 missense_variant 
 c.11270G>A 
 p.Arg3757Gln 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R015 
 missense_variant 
 c.10775C>G 
 p.Ser3592Cys 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1069R016 
 missense_variant 
 c.7090C>T 
 p.Leu2364Phe 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1069R017 
 missense_variant 
 c.3761C>A 
 p.Ser1254Tyr 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1069R018 
 missense_variant 
 c.2087G>A 
 p.Arg696His 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN1069R019 
 missense_variant 
 c.2413C>T 
 p.Leu805Phe 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R020 
 missense_variant 
 c.2580C>G 
 p.Phe860Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R021 
 missense_variant 
 c.2678G>T 
 p.Arg893Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R022 
 missense_variant 
 c.3093T>G 
 p.Ile1031Met 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R023 
 missense_variant 
 c.3104G>A 
 p.Arg1035Gln 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R024 
 missense_variant 
 c.3111C>A 
 p.Ser1037Arg 
 De novo 
  
 Multi-generational 
 GEN1069R025 
 missense_variant 
 c.3127G>A 
 p.Ala1043Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R026 
 missense_variant 
 c.3127G>A 
 p.Ala1043Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R027 
 missense_variant 
 c.3127G>A 
 p.Ala1043Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R028 
 missense_variant 
 c.3127G>A 
 p.Ala1043Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R029 
 missense_variant 
 c.3127G>A 
 p.Ala1043Thr 
 De novo 
  
  
 GEN1069R030 
 missense_variant 
 c.3311A>G 
 p.Glu1104Gly 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R031 
 missense_variant 
 c.3316G>A 
 p.Glu1106Lys 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN1069R032 
 missense_variant 
 c.3316G>A 
 p.Glu1106Lys 
 Unknown 
 Not maternal 
 Simplex 
 GEN1069R033 
 missense_variant 
 c.3331G>T 
 p.Gly1111Trp 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R034 
 missense_variant 
 c.3475G>A 
 p.Gly1159Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R035 
 missense_variant 
 c.5596T>A 
 p.Trp1866Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R036 
 missense_variant 
 c.5598G>T 
 p.Trp1866Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R037 
 missense_variant 
 c.5647G>A 
 p.Gly1883Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R038 
 missense_variant 
 c.5647G>A 
 p.Gly1883Arg 
 De novo 
  
 Multi-generational 
 GEN1069R039 
 missense_variant 
 c.5795C>T 
 p.Pro1932Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN1069R040 
 missense_variant 
 c.11270G>A 
 p.Arg3757Gln 
 De novo 
  
 Extended multiplex 
 GEN1069R041 
 missense_variant 
 c.2575G>A 
 p.Asp859Asn 
 Unknown 
  
 Multi-generational 
 GEN1069R042 
 missense_variant 
 c.4465G>A 
 p.Asp1489Asn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R043 
 missense_variant 
 c.6415T>C 
 p.Trp2139Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1069R044 
 missense_variant 
 c.6011G>A 
 p.Arg2004Gln 
 De novo 
  
  
 GEN1069R045 
 missense_variant 
 c.5576G>A 
 p.Arg1859His 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R046 
 missense_variant 
 c.2386G>C 
 p.Gly796Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN1069R047 
 synonymous_variant 
 c.6G>A 
 p.Ala2%3D 
 De novo 
  
  
 GEN1069R048 
 missense_variant 
 c.52A>T 
 p.Met18Leu 
 De novo 
  
  
 GEN1069R049 
 missense_variant 
 c.68A>G 
 p.Gln23Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1069R050 
 inframe_deletion 
 c.6110_6112del 
 p.Met2037_Asp2038delinsAsn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1069R051 
 missense_variant 
 c.1116G>T 
 p.Arg372Ser 
 De novo 
  
  
 GEN1069R052 
 missense_variant 
 c.2320C>A 
 p.Leu774Ile 
 De novo 
  
  
 GEN1069R053 
 missense_variant 
 c.2769C>G 
 p.Ser923Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1069R054 
 synonymous_variant 
 c.5280C>T 
 p.Phe1760%3D 
 De novo 
  
  
 GEN1069R055 
 missense_variant 
 c.5786C>T 
 p.Pro1929Leu 
 De novo 
  
  
 GEN1069R056 
 synonymous_variant 
 c.6904C>A 
 p.Arg2302Ser 
 De novo 
  
  
 GEN1069R057 
 splice_region_variant 
 c.9300+4C>T 
  
 De novo 
  
  
 GEN1069R058 
 missense_variant 
 c.11261C>T 
 p.Thr3754Ile 
 De novo 
  
  
 GEN1069R059 
 frameshift_variant 
 c.4250_4254del 
 p.Thr1417ArgfsTer43 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN1069R060 
 missense_variant 
 c.5592C>G 
 p.Phe1864Leu 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN1069R061 
 missense_variant 
 c.9529G>A 
 p.Val3177Met 
 Unknown 
  
 Simplex 

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
7
Deletion
 2
 
7
Duplication
 2
 
7
Deletion-Duplication
 28
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.