HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

De novo likely gene-disruptive (LGD) variants in the SPEN gene have been identified in two probands with ASD (Iossifov et al., 2014; Yuen et al., 2016) and two probands with unspecified developmental disorders (Deciphering Developmental Disorders Study 2017). An integrated meta-analysis of de novo mutation data from a combined dataset of 10,927 individuals with neurodevelopmental disorders identified SPEN as a gene with an excess of LGD variants (false discovery rata < 5%, count >1) (Coe et al., 2018). De novo missense variants in SPEN have also been observed in ASD probands (De Rubeis et al., 2014; Iossifov et al., 2014; Krumm et al., 2015).

Molecular Function

his gene encodes a hormone inducible transcriptional repressor. Repression of transcription by this gene product can occur through interactions with other repressors, by the recruitment of proteins involved in histone deacetylation, or through sequestration of transcriptional activators. The product of this gene contains a carboxy-terminal domain that permits binding to other corepressor proteins. This domain also permits interaction with members of the NuRD complex, a nucleosome remodeling protein complex that contains deacetylase activity. In addition, this repressor contains several RNA recognition motifs that confer binding to a steroid receptor RNA coactivator; this binding can modulate the activity of both liganded and nonliganded steroid receptors.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Excess of rare, inherited truncating mutations in autism.
ASD
Support
Combining exome/genome sequencing with data repository analysis reveals novel gene-disease associations for a wide range of genetic disorders
DD, ID
Support
Synaptic, transcriptional and chromatin genes disrupted in autism.
ASD
Support
Rare genetic susceptibility variants assessment in autism spectrum disorder: detection rate and practical use.
ASD
Support
Large-Scale Exome Sequencing Study Implicates Both Developmental and Functional Changes in the Neurobiology of Autism
ASD
Support
ASD
Learning disability, epilepsy/seizures
Support
Lessons Learned from Large-Scale, First-Tier Clinical Exome Sequencing in a Highly Consanguineous Population.
ID, speech delay, motor delay
Autistic features
Support
DD, ID
Autistic features
Support
Prevalence and architecture of de novo mutations in developmental disorders
DD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Genome-wide characteristics of de novo mutations in autism
ASD
Support
Mutational Landscape of Autism Spectrum Disorder Brain Tissue
ASD
Recent recommendation
SPEN haploinsufficiency causes a neurodevelopmental disorder overlapping proximal 1p36 deletion syndrome with an episignature of X chromosomes in females
DD, ID
ASD
Recent Recommendation
Large-scale targeted sequencing identifies risk genes for neurodevelopmental disorders
ASD, DD
Recent Recommendation
Neurodevelopmental disease genes implicated by de novo mutation and copy number variation morbidity.

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1061R001 
 frameshift_variant 
 c.3029dup 
 p.Asp1011GlyfsTer11 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R002 
 missense_variant 
 c.8492G>C 
 p.Ser2831Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R003 
 missense_variant 
 c.986A>C 
 p.Asp329Ala 
 De novo 
  
  
 GEN1061R004 
 missense_variant 
 c.4651G>A 
 p.Glu1551Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R005 
 stop_gained 
 c.5392C>T 
 p.Gln1798Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R006 
 stop_gained 
 c.7503G>A 
 p.Trp2501Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R007 
 frameshift_variant 
 c.6959_6963del 
 p.Glu2320GlyfsTer37 
 De novo 
  
  
 GEN1061R008 
 missense_variant 
 c.461G>A 
 p.Arg154Gln 
 De novo 
  
  
 GEN1061R009 
 missense_variant 
 c.4054G>A 
 p.Asp1352Asn 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN1061R010 
 missense_variant 
 c.10093C>T 
 p.Pro3365Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R011 
 stop_gained 
 c.7232C>A 
 p.Ser2411Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R012 
 missense_variant 
 c.2137C>T 
 p.Arg713Trp 
 De novo 
  
  
 GEN1061R013 
 frameshift_variant 
 c.6960del 
 p.Val2321TrpfsTer32 
 De novo 
  
  
 GEN1061R014 
 splice_site_variant 
 c.10864-1G>A 
  
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1061R015 
 frameshift_variant 
 c.4441_4444del 
 p.Glu1481ArgfsTer14 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R016 
 stop_gained 
 c.5392C>T 
 p.Gln1798Ter 
 Unknown 
 Not paternal 
 Simplex 
 GEN1061R017 
 missense_variant 
 c.460C>T 
 p.Arg154Trp 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1061R018 
 missense_variant 
 c.526C>T 
 p.Arg176Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R019 
 missense_variant 
 c.526C>T 
 p.Arg176Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R020 
 missense_variant 
 c.5533G>A 
 p.Glu1845Lys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R021 
 missense_variant 
 c.5533G>A 
 p.Glu1845Lys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R022 
 missense_variant 
 c.1700C>A 
 p.Ala567Glu 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R023 
 missense_variant 
 c.2612G>A 
 p.Arg871His 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R024 
 missense_variant 
 c.2959C>T 
 p.Arg987Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R025 
 missense_variant 
 c.6995G>A 
 p.Arg2332His 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R026 
 missense_variant 
 c.923G>T 
 p.Arg308Leu 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1061R027 
 missense_variant 
 c.1379G>A 
 p.Arg460His 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1061R028 
 missense_variant 
 c.2429G>A 
 p.Arg810Gln 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1061R029 
 missense_variant 
 c.1703C>T 
 p.Ala568Val 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R030 
 missense_variant 
 c.10301C>T 
 p.Pro3434Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R031 
 missense_variant 
 c.4801G>A 
 p.Asp1601Asn 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN1061R032 
 missense_variant 
 c.1649G>A 
 p.Arg550His 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R033 
 missense_variant 
 c.1649G>A 
 p.Arg550His 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R034 
 missense_variant 
 c.1649G>A 
 p.Arg550His 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R035 
 frameshift_variant 
 c.2294_2295del 
 p.Ser765MetfsTer2 
 De novo 
  
  
 GEN1061R036 
 stop_gained 
 c.9502C>T 
 p.Arg3168Ter 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1061R037 
 frameshift_variant 
 c.7080_7083del 
 p.Asn2360LysfsTer42 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN1061R038 
 stop_gained 
 c.3721C>T 
 p.Arg1241Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R039 
 stop_gained 
 c.4207C>T 
 p.Arg1403Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R040 
 missense_variant 
 c.686G>A 
 p.Arg229Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R041 
 missense_variant 
 c.686G>A 
 p.Arg229Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R042 
 missense_variant 
 c.4783C>A 
 p.Gln1595Lys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R043 
 missense_variant 
 c.4783C>A 
 p.Gln1595Lys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R044 
 missense_variant 
 c.577C>T 
 p.Arg193Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R045 
 missense_variant 
 c.598C>G 
 p.Arg200Gly 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R046 
 missense_variant 
 c.703C>T 
 p.Arg235Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R047 
 missense_variant 
 c.1475C>G 
 p.Ala492Gly 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R048 
 missense_variant 
 c.1958G>C 
 p.Arg653Pro 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R049 
 missense_variant 
 c.2137C>T 
 p.Arg713Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R050 
 missense_variant 
 c.4246C>T 
 p.Arg1416Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R051 
 missense_variant 
 c.4774C>T 
 p.Arg1592Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R052 
 missense_variant 
 c.6242G>A 
 p.Arg2081Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R053 
 missense_variant 
 c.382C>T 
 p.Arg128Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R054 
 missense_variant 
 c.2341C>T 
 p.Arg781Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R055 
 missense_variant 
 c.727C>T 
 p.Arg243Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R056 
 missense_variant 
 c.1649G>T 
 p.Arg550Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R057 
 missense_variant 
 c.10927G>A 
 p.Ala3643Thr 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R058 
 missense_variant 
 c.1889G>A 
 p.Arg630His 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN1061R059 
 stop_gained 
 c.6058C>T 
 p.Gln2020Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R060 
 frameshift_variant 
 c.6087_6088del 
 p.Glu2029AspfsTer5 
 De novo 
  
  
 GEN1061R061 
 frameshift_variant 
 c.7338_7339dup 
 p.Arg2447ThrfsTer14 
 De novo 
  
  
 GEN1061R062 
 stop_gained 
 c.2014C>T 
 p.Arg672Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R063 
 stop_gained 
 c.7324G>T 
 p.Glu2442Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R064 
 stop_gained 
 c.5806C>T 
 p.Arg1936Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN1061R065 
 frameshift_variant 
 c.7492del 
 p.Val2498Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R066 
 frameshift_variant 
 c.6223_6227del 
 p.Ser2075GlufsTer46 
 De novo 
  
  
 GEN1061R067 
 stop_gained 
 c.7024C>T 
 p.Arg2342Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R068 
 stop_gained 
 c.3793C>T 
 p.Arg1265Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R069 
 frameshift_variant 
 c.6226_6227del 
 p.Lys2076GlufsTer46 
 De novo 
  
  
 GEN1061R070 
 frameshift_variant 
 c.6974_6975del 
 p.Leu2325ArgfsTer33 
 De novo 
  
  
 GEN1061R071 
 stop_gained 
 c.3793C>T 
 p.Arg1265Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R072 
 frameshift_variant 
 c.7374_7381del 
 p.Val2459ThrfsTer36 
 De novo 
  
  
 GEN1061R073 
 frameshift_variant 
 c.7373del 
 p.Pro2458ArgfsTer2 
 De novo 
  
  
 GEN1061R074 
 stop_gained 
 c.1603C>T 
 p.Arg535Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R075 
 frameshift_variant 
 c.6570dup 
 p.Lys2191Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R076 
 frameshift_variant 
 c.7328del 
 p.Glu2443GlyfsTer17 
 Familial 
 Paternal 
 Multiplex 
 GEN1061R077 
 frameshift_variant 
 c.2956_2959dup 
 p.Arg987GlnfsTer36 
 De novo 
  
  
 GEN1061R078 
 frameshift_variant 
 c.9950dup 
 p.Ala3318GlyfsTer30 
 De novo 
  
  
 GEN1061R079 
 frameshift_variant 
 c.10909_10910del 
 p.His3638ProfsTer7 
 De novo 
  
  
 GEN1061R080 
 frameshift_variant 
 c.5013_5017del 
 p.Glu1671AspfsTer16 
 De novo 
  
  
 GEN1061R081 
 frameshift_variant 
 c.2269_2272dup 
 p.Arg758GlnfsTer11 
 De novo 
  
  
 GEN1061R082 
 frameshift_variant 
 c.10953dup 
 p.Asn3652GlnfsTer17 
 De novo 
  
  
 GEN1061R083 
 frameshift_variant 
 c.5414del 
 p.Leu1805Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R084 
 frameshift_variant 
 c.2262_2265dup 
 p.Tyr756AlafsTer13 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R085 
 frameshift_variant 
 c.6641_6642del 
 p.Glu2214AlafsTer11 
 De novo 
  
  
 GEN1061R086 
 stop_gained 
 c.6799G>T 
 p.Glu2267Ter 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN1061R087 
 stop_gained 
 c.2101G>T 
 p.Glu701Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R088 
 stop_gained 
 c.3508C>T 
 p.Arg1170Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R089 
 stop_gained 
 c.3199C>T 
 p.Gln1067Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R090 
 frameshift_variant 
 c.3029dup 
 p.Asp1011GlyfsTer11 
 De novo 
  
  
 GEN1061R091 
 stop_gained 
 c.5392C>T 
 p.Gln1798Ter 
 Unknown 
 Not paternal 
  
 GEN1061R092 
 stop_gained 
 c.5086C>T 
 p.Gln1696Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1061R093 
 missense_variant 
 c.7712C>T 
 p.Ala2571Val 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R094 
 missense_variant 
 c.7796C>T 
 p.Ser2599Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1061R095 
 synonymous_variant 
 c.6750C>T 
 p.Pro2250%3D 
 De novo 
  
  
 GEN1061R096 
 stop_gained 
 c.4828C>T 
 p.Gln1610Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1061R097 
 inframe_deletion 
 c.7380_7382del 
 p.Pro2462del 
 De novo 
  
 Multiplex 
  et al.  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
1
Deletion-Duplication
 1
 
1
Deletion-Duplication
 1
 
1
Deletion
 1
 
1
Deletion
 2
 
1
Deletion
 1
 
1
Duplication
 1
 
1
Deletion
 1
 
1
Duplication
 1
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.