HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

De novo missense variants in the SON gene have been identified in ASD probands from the Simons Simplex Collection (Iossifov et al., 2014) and the iHART cohort (Ruzzo et al., 2019). Mutations in the SON gene are also responsible for ZTTK syndrome (OMIM 617140), a severe multisystem developmental disorder characterized by delayed psychomotor development and intellectual disability; autism and autistic features have been observed in a subset of individuals with this disorder (Tokita et al., 2016; Kim et al., 2016).

Molecular Function

This gene encodes a protein that contains multiple simple repeats. The encoded protein binds RNA and promotes pre-mRNA splicing, particularly of transcripts with poor splice sites. The protein also recognizes a specific DNA sequence found in the human hepatitis B virus (HBV) and represses HBV core promoter activity.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Mutational Landscape of Autism Spectrum Disorder Brain Tissue
ASD
Support
De Novo Truncating Variants in SON Cause Intellectual Disability, Congenital Malformations, and Failure to Thrive.
ZTTK syndrome
ASD
Support
ZTTK syndrome, DD, epilepsy/seizures
Stereotypy
Support
Skin and nails abnormalities in a patient with ZTTK syndrome and a de novo mutation in SON
ID, epilepsy/seizures
ID, epilepsy/seizures
Support
Next-generation gene panel testing in adolescents and adults in a medical neuropsychiatric genetics clinic
ID
DD, epilepsy/seizures
Support
Establishing SON in 21q22.11 as a cause a new syndromic form of intellectual disability: Possible contribution to Braddock-Carey syndrome phenotype
DD, ID
DD, ID
Support
Autism risk in offspring can be assessed through quantification of male sperm mosaicism.
ASD
Support
ZTTK syndrome: Clinical and molecular findings of 15 cases and a review of the literature
ZTTKsyndrome, DD, ID, epilepsy/seizures
ADHD, stereotypy
Support
Clinical and genetic analysis of ZTTK syndrome caused by SON heterozygous mutation c.394C>T
DD, ID
DD, ID
Support
Comorbidities associated with genetic abnormalities in children with intellectual disability
ASD, DD/ID
Support
Inherited and De Novo Genetic Risk for Autism Impacts Shared Networks.
ASD
Support
Phenotypic expansion in Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome caused by de novo variants in the SON gene
ZTTK syndrome, DD
ID, stereotypy
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
SON haploinsufficiency causes impaired pre-mRNA splicing of CAKUT genes and heterogeneous renal phenotypes
ID
ID
Support
Knockdown of Son, a mouse homologue of the ZTTK syndrome gene, causes neuronal migration defects and dendritic spine abnormalities
ZTTK syndrome
Support
Complex Diagnostics of Non-Specific Intellectual Developmental Disorder
DD, ID
Support
De Novo Mutations in SON Disrupt RNA Splicing of Genes Essential for Brain Development and Metabolism, Causing an Intellectual-Disability Syndrome.
ZTTK syndrome
ASD or autistic features
Support
A novel frameshift variant in SON causes Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim Syndrome
DD, ID
DD, ID
Recent Recommendation
Craniosynostosis
Recent Recommendation
Establishing the phenotypic spectrum of ZTTK syndrome by analysis of 52 individuals with variants in SON
DD, ID
Epilepsy/seizures, ASD or autistic features

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1139R001 
 missense_variant 
 c.3724T>G 
 p.Ser1242Ala 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R002 
 missense_variant 
 c.5515C>T 
 p.Arg1839Cys 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN1139R003 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756delTTAG 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R004 
 frameshift_variant 
 c.6233del 
 p.Pro2078HisfsTer4 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R005 
 frameshift_variant 
 c.3852_3856del 
 p.Met1284IlefsTer2 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R006 
 stop_gained 
 c.286C>T 
 p.Gln96Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1139R007 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756delTTAG 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R008 
 frameshift_variant 
 c.3073dup 
 p.Met1025AsnfsTer6 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R009 
 missense_variant 
 c.4909A>T 
 p.Thr1637Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R010 
 missense_variant 
 c.5528C>A 
 p.Ser1843Tyr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R011 
 frameshift_variant 
 c.5549_5550del 
 p.Arg1850IlefsTer3 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R012 
 frameshift_variant 
 c.1881_1882del 
 p.Val629AlafsTer56 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R013 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756delTTAG 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R014 
 frameshift_variant 
 c.3852_3856del 
 p.Met1284IlefsTer2 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R015 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R016 
 inframe_deletion 
 c.4999_5013del 
 p.Asp1667_Asn1671del 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R017 
 frameshift_variant 
 c.5031_5032insAA 
 p.Asp1678LysfsTer9 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R018 
 frameshift_variant 
 c.6002_6003insCC 
 p.Arg2002GlnfsTer5 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R019 
 frameshift_variant 
 c.4358_4359del 
 p.Thr1453SerfsTer11 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R020 
 frameshift_variant 
 c.4640del 
 p.His1547LeufsTer76 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R021 
 frameshift_variant 
 c.6087del 
 p.Ser2029ArgfsTer22 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R022 
 frameshift_variant 
 c.3597_3598dup 
 p.Pro1200ArgfsTer17 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R023 
 inframe_deletion 
 c.4151_4174del 
 p.Leu1384_Val1391del 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN1139R024 
 frameshift_variant 
 c.2365del 
 p.Ser789AlafsTer8 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R025 
 stop_gained 
 c.3334C>T 
 p.Arg1112Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R026 
 frameshift_variant 
 c.268del 
 p.Ser90ValfsTer59 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R027 
 frameshift_variant 
 c.4055del 
 p.Pro1352GlnfsTer14 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R028 
 frameshift_variant 
 c.4549dup 
 p.Glu1517GlyfsTer6 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R029 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R030 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R031 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R032 
 stop_gained 
 c.1183C>T 
 p.Gln395Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R033 
 frameshift_variant 
 c.3963del 
 p.Ala1322ProfsTer13 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R034 
 frameshift_variant 
 c.4865_4869del 
 p.Leu1622Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R035 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN1139R036 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
  
 GEN1139R037 
 frameshift_variant 
 c.326_329del 
 p.Lys109SerfsTer39 
 De novo 
  
  
 GEN1139R038 
 frameshift_variant 
 c.3135_3157del 
 p.Glu1046GlyfsTer2 
 De novo 
  
  
 GEN1139R039 
 stop_gained 
 c.3408C>A 
 p.Tyr1136Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R040 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R041 
 stop_gained 
 c.5761C>T 
 p.Arg1921Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R042 
 frameshift_variant 
 c.6461del 
 p.Asn2154IlefsTer2 
 De novo 
  
  
 GEN1139R043 
 frameshift_variant 
 c.4779_4782del 
 p.Ser1594LeufsTer28 
 De novo 
  
  
 GEN1139R044 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
  
 GEN1139R045 
 missense_variant 
 c.3214C>T 
 p.Arg1072Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R046 
 stop_gained 
 c.2763C>A 
 p.Tyr921Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1139R047 
 frameshift_variant 
 c.4777_4778del 
 p.Leu1593IlefsTer11 
 De novo 
  
  
 GEN1139R048 
 frameshift_variant 
 c.4448_4452del 
 p.Val1483GlufsTer4 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R049 
 frameshift_variant 
 c.2160del 
 p.Met721TrpfsTer6 
 De novo 
  
  
 GEN1139R050 
 frameshift_variant 
 c.4663del 
 p.Thr1555LeufsTer68 
 De novo 
  
  
 GEN1139R051 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
  
 GEN1139R052 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
  
 GEN1139R053 
 frameshift_variant 
 c.4678del 
 p.Glu1560LysfsTer63 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R054 
 stop_gained 
 c.394C>T 
 p.Gln132Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1139R055 
 frameshift_variant 
 c.1444del 
 p.Leu482CysfsTer4 
 De novo 
  
  
 GEN1139R056 
 frameshift_variant 
 c.5230del 
 p.Arg1744ValfsTer29 
 De novo 
  
  
 GEN1139R057 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R058 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R059 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R060 
 stop_gained 
 c.3203C>G 
 p.Ser1068Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R061 
 frameshift_variant 
 c.457del 
 p.Asp153IlefsTer4 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R062 
 frameshift_variant 
 c.384del 
 p.Lys128AsnfsTer21 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R063 
 copy_number_loss 
  
  
 Unknown 
  
  
 GEN1139R064 
 frameshift_variant 
 c.6010del 
 p.Val2004TrpfsTer2 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R065 
 frameshift_variant 
 c.3711del 
 p.Ser1238GlnfsTer3 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R066 
 frameshift_variant 
 c.6010del 
 p.Val2004TrpfsTer2 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R067 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R068 
 frameshift_variant 
 c.348_351del 
 p.Asn116LysfsTer32 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R069 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R070 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R071 
 missense_variant 
 c.668C>T 
 p.Ser223Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R072 
 stop_gained 
 c.3334C>T 
 p.Arg1112Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R073 
 frameshift_variant 
 c.1881_1882del 
 p.Val629AlafsTer56 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R074 
 missense_variant 
 c.1736C>G 
 p.Thr579Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R075 
 missense_variant 
 c.1085C>T 
 p.Pro362Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN1139R076 
 frameshift_variant 
 c.4641_4642del 
 p.His1547GlnfsTer9 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R077 
 missense_variant 
 c.2051A>G 
 p.Tyr684Cys 
 De novo 
  
  
 GEN1139R078 
 missense_variant 
 c.3191G>A 
 p.Arg1064His 
 De novo 
  
  
 GEN1139R079 
 synonymous_variant 
 c.4779A>G 
 p.Leu1593%3D 
 De novo 
  
  
 GEN1139R080 
 frameshift_variant 
 c.5753_5756del 
 p.Val1918GlufsTer87 
 De novo 
  
  
 GEN1139R081 
 frameshift_variant 
 c.2910del 
 p.Tyr970Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1139R082 
 missense_variant 
 c.2080A>G 
 p.Thr694Ala 
 Familial 
  
 Multiplex 
 GEN1139R083 
 missense_variant 
 c.6925G>A 
 p.Gly2309Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1139R084 
 frameshift_variant 
 c.3156del 
 p.Met1053TrpfsTer6 
 De novo 
  
  
 GEN1139R085 
 stop_gained 
 c.5743C>T 
 p.Arg1915Ter 
 De novo 
  
 Simplex 

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
21
Duplication
 3
 
21
Duplication
 11
 
21
Duplication
 2
 
21
Deletion-Duplication
 13
 
21
Deletion-Duplication
 1
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.