HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

A two-stage analysis of rare de novo and inherited coding variants in 42,607 ASD cases, including 35,130 new cases from the SPARK cohort, in Zhou et al., 2022 identified NAV3 as a gene reaching exome-wide significance (P < 2.5E-06); association of NAV3 with ASD risk was primarily driven by rare inherited loss-of-function variants.

Molecular Function

This gene belongs to the neuron navigator family and is expressed predominantly in the nervous system. The encoded protein contains coiled-coil domains and a conserved AAA domain characteristic for ATPases associated with a variety of cellular activities. This gene is similar to unc-53, a Caenorhabditis elegans gene involved in axon guidance.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Stereotypy

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1347R001 
 synonymous_variant 
 c.1611A>G 
 p.Val537%3D 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1347R002 
 frameshift_variant 
 c.6204dup 
 p.Leu2069ThrfsTer3 
 De novo 
  
  
 GEN1347R003 
 missense_variant 
 c.148T>G 
 p.Ser50Ala 
 De novo 
  
  
 GEN1347R004 
 stop_gained 
 c.6330C>A 
 p.Cys2110Ter 
 Familial 
  
  
 GEN1347R005 
 stop_gained 
 c.6330C>A 
 p.Cys2110Ter 
 Familial 
  
  
 GEN1347R006 
 frameshift_variant 
 c.4377_4380del 
 p.Pro1460TrpfsTer21 
 Familial 
  
 Multiplex 
 GEN1347R007 
 frameshift_variant 
 c.4138del 
 p.Leu1380SerfsTer10 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R008 
 stop_gained 
 c.163C>T 
 p.Gln55Ter 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R009 
 frameshift_variant 
 c.5414del 
 p.Ser1805ThrfsTer8 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R010 
 frameshift_variant 
 c.5414del 
 p.Ser1805ThrfsTer8 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R011 
 splice_site_variant 
 c.5125-1G>A 
  
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R012 
 frameshift_variant 
 c.3060del 
 p.Ala1021LeufsTer9 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R013 
 stop_gained 
 c.5782C>T 
 p.Arg1928Ter 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1347R014 
 frameshift_variant 
 c.1940_1941dup 
 p.Ser648HisfsTer37 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R015 
 stop_gained 
 c.163C>T 
 p.Gln55Ter 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R016 
 splice_site_variant 
 c.4630+2T>C 
  
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R017 
 frameshift_variant 
 c.3659_3660dup 
 p.Ser1221ProfsTer50 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R018 
 stop_gained 
 c.2547T>G 
 p.Tyr849Ter 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R019 
 stop_gained 
 c.163C>T 
 p.Gln55Ter 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R020 
 frameshift_variant 
 c.4057dup 
 p.Ser1353PhefsTer16 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1347R021 
 frameshift_variant 
 c.929_944del 
 p.Gln310LeufsTer23 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN1347R022 
 splice_site_variant 
 c.5791-2A>T 
  
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN1347R023 
 frameshift_variant 
 c.2246del 
 p.Pro749ArgfsTer53 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R024 
 frameshift_variant 
 c.1199dup 
 p.Gln401AlafsTer8 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R025 
 frameshift_variant 
 c.3766del 
 p.Ala1256GlnfsTer14 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R026 
 stop_gained 
 c.2206C>T 
 p.Arg736Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R027 
 frameshift_variant 
 c.1199dup 
 p.Gln401AlafsTer8 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R028 
 stop_gained 
 c.5899C>T 
 p.Arg1967Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R029 
 stop_gained 
 c.163C>T 
 p.Gln55Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R030 
 frameshift_variant 
 c.3429del 
 p.Lys1143AsnfsTer36 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R031 
 stop_gained 
 c.604C>T 
 p.Arg202Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R032 
 frameshift_variant 
 c.232del 
 p.Glu78LysfsTer14 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R033 
 stop_gained 
 c.2080C>T 
 p.Gln694Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R034 
 frameshift_variant 
 c.3766del 
 p.Ala1256GlnfsTer14 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R035 
 stop_gained 
 c.5638C>T 
 p.Gln1880Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R036 
 frameshift_variant 
 c.1199dup 
 p.Gln401AlafsTer8 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R037 
 stop_gained 
 c.163C>T 
 p.Gln55Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R038 
 stop_gained 
 c.187G>T 
 p.Glu63Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R039 
 frameshift_variant 
 c.1646_1647del 
 p.Lys549ArgfsTer3 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R040 
 stop_gained 
 c.3454C>T 
 p.Arg1152Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R041 
 stop_gained 
 c.163C>T 
 p.Gln55Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1347R042 
 missense_variant 
 c.466G>A 
 p.Val156Ile 
 De novo 
  
  
 GEN1347R043 
 missense_variant 
 c.2173G>C 
 p.Val725Leu 
 De novo 
  
 Multiplex (monozygotic twins) 
 GEN1347R044 
 missense_variant 
 c.5907A>T 
 p.Arg1969Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
  et al.  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
12
Duplication
 1
 
12
Duplication
 3
 
12
Deletion
 1
 
12
Deletion-Duplication
 10
 
12
Duplication
 6
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.