HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

A de novo missense variant in the KAT6B gene was identified in an ASD proband from the Simons Simplex Collection (Iossifov et al., 2014), while a paternally-inherited nonsense variant in this gene was identified in an ASD proband from the SPARK cohort (Feliciano et al., 2019). Additional de novo variants in KAT6B have been identified in probands with intellectual disability (Lelieveld et al., 2016) and from the Deciphering Developmental Disorders 2017 study. Single-molecular molecular inversion probe (smMIP) sequencing of 7,954 probands from cohorts with a primary diagnosis of ASD in Wang et al., 2020 identified one individual with a likely-gene disruptive variant and 17 individuals with missense variants with CADD scores 30 in the KAT6B gene.

Molecular Function

The protein encoded by this gene is a histone acetyltransferase and component of the MOZ/MORF protein complex. In addition to its acetyltransferase activity, the encoded protein has transcriptional activation activity in its N-terminal end and transcriptional repression activity in its C-terminal end. This protein is necessary for RUNX2-dependent transcriptional activation and could be involved in brain development. Heterozygous mutations in KAT6B have been found in patients with genitopatellar syndrome (OMIM 606170) and SBBYSS syndrome (OMIM 603736).

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Large-scale targeted sequencing identifies risk genes for neurodevelopmental disorders
ASD
DD
Support
Novel variants in KAT6B spectrum of disorders expand our knowledge of clinical manifestations and molecular mechanisms
DD, ID
ASD, ADHD, epilepsy/seizures
Support
Exome sequencing of 457 autism families recruited online provides evidence for autism risk genes
ASD
Support
Prevalence and architecture of de novo mutations in developmental disorders
Developmental disorders
Support
Meta-analysis of 2,104 trios provides support for 10 new genes for intellectual disability
ID
Support
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
ASD
DD, ID, epilepsy/seizures
Support
Trio-based exome sequencing reveals a high rate of the de novo variants in intellectual disability
ID, epilepsy/seizures

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1231R001 
 missense_variant 
 c.3231C>A 
 p.Asp1077Glu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R002 
 stop_gained 
 c.1507C>T 
 p.Gln503Ter 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN1231R003 
 frameshift_variant 
 c.626del 
 p.Arg209LeufsTer41 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R004 
 missense_variant 
 c.104C>T 
 p.Ala35Val 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1231R005 
 missense_variant 
 c.3409C>T 
 p.Arg1137Cys 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1231R006 
 missense_variant 
 c.3802G>A 
 p.Gly1268Arg 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1231R007 
 missense_variant 
 c.4834C>T 
 p.Arg1612Cys 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1231R008 
 missense_variant 
 c.4834C>T 
 p.Arg1612Cys 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN1231R009 
 missense_variant 
 c.5390G>A 
 p.Arg1797Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R010 
 missense_variant 
 c.5390G>A 
 p.Arg1797Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R011 
 missense_variant 
 c.5837G>A 
 p.Arg1946His 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R012 
 missense_variant 
 c.5837G>A 
 p.Arg1946His 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R013 
 missense_variant 
 c.2696G>A 
 p.Arg899His 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R014 
 missense_variant 
 c.3455C>T 
 p.Thr1152Met 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R015 
 missense_variant 
 c.5870G>A 
 p.Arg1957Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R016 
 missense_variant 
 c.307C>T 
 p.Arg103Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R017 
 missense_variant 
 c.2479C>T 
 p.Arg827Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R018 
 missense_variant 
 c.3028C>T 
 p.Arg1010Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R019 
 missense_variant 
 c.3028C>T 
 p.Arg1010Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R020 
 missense_variant 
 c.2348G>A 
 p.Arg783Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R021 
 frameshift_variant 
 c.3349_3350del 
 p.Gln1117ValfsTer19 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R022 
 frameshift_variant 
 c.2165_2166dup 
 p.Ile723Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R023 
 frameshift_variant 
 c.3401del 
 p.Gly1134ValfsTer11 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R024 
 stop_gained 
 c.2347C>T 
 p.Arg783Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R025 
 missense_variant 
 c.3154C>T 
 p.Arg1052Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R026 
 missense_variant 
 c.236G>A 
 p.Arg79His 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R027 
 missense_variant 
 c.236G>A 
 p.Arg79His 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R028 
 missense_variant 
 c.236G>A 
 p.Arg79His 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R029 
 missense_variant 
 c.3760C>T 
 p.Arg1254Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R030 
 splice_site_variant 
 c.1566+2T>A 
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R031 
 frameshift_variant 
 c.2709del 
 p.Glu904ArgfsTer27 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R032 
 frameshift_variant 
 c.1946del 
 p.Asn649MetfsTer27 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R033 
 stop_gained 
 c.176C>G 
 p.Ser59Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R034 
 stop_gained 
 c.1030C>T 
 p.Arg344Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R035 
 splice_site_variant 
 c.3373-2A>G 
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R036 
 missense_variant 
 c.5041G>A 
 p.Glu1681Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R037 
 missense_variant 
 c.5015G>C 
 p.Ser1672Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R038 
 frameshift_variant 
 c.5327del 
 p.Leu1776Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R039 
 frameshift_variant 
 c.2852del 
 p.Gly951ValfsTer11 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R040 
 stop_gained 
 c.2347C>T 
 p.Arg783Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R041 
 frameshift_variant 
 c.2190del 
 p.Leu731SerfsTer34 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R042 
 frameshift_variant 
 c.2588del 
 p.Leu863CysfsTer68 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R043 
 stop_gained 
 c.3887C>A 
 p.Ser1296Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R044 
 stop_gained 
 c.5389C>T 
 p.Arg1797Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1231R045 
 frameshift_variant 
 c.3201del 
 p.Gly1068GlufsTer21 
 De novo 
  
  
 GEN1231R046 
 frameshift_variant 
 c.3769_3772del 
 p.Lys1258GlyfsTer13 
 De novo 
  
  
 GEN1231R047 
 frameshift_variant 
 c.3769_3772delTCTA 
 p.Lys1258GlyfsTer13 
 De novo 
  
  
 GEN1231R048 
 frameshift_variant 
 c.3769_3772delTCTA 
 p.Lys1258GfsTer13 
 De novo 
  
  
 GEN1231R049 
 frameshift_variant 
 c.3220_3223del 
 p.Lys1075GlyfsTer13 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R050 
 frameshift_variant 
 c.3532_3580dup 
 p.Asn1194ArgfsTer26 
 De novo 
  
  
 GEN1231R051 
 frameshift_variant 
 c.3553dup 
 p.Glu1185GlyfsTer19 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R052 
 stop_gained 
 c.3349C>T 
 p.Gln1117Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1231R053 
 frameshift_variant 
 c.2800_2801del 
 p.Gln934ValfsTer19 
 De novo 
  
  
 GEN1231R054 
 stop_gained 
 c.3580C>T 
 p.Gln1194Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1231R055 
 frameshift_variant 
 c.3918_3919insCAACAGG 
 p.Ile1307GlnfsTer4 
 De novo 
  
  
 GEN1231R056 
 frameshift_variant 
 c.4205_4206del 
 p.Ser1402CysfsTer5 
 De novo 
  
  
 GEN1231R057 
 frameshift_variant 
 c.4538dup 
 p.Lys1514GlufsTer27 
 Unknown 
  
  
 GEN1231R058 
 stop_gained 
 c.5254C>T 
 p.Gln1752Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1231R059 
 stop_gained 
 c.5389C>T 
 p.Arg1797Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1231R060 
 frameshift_variant 
 c.3413_3414del 
 p.Gln1138ArgfsTer20 
 De novo 
  
  
 GEN1231R061 
 frameshift_variant 
 c.3590_3591del 
 p.Lys1197ArgfsTer6 
 De novo 
  
  
 GEN1231R062 
 frameshift_variant 
 c.4368_4369dup 
 p.Glu1457GlyfsTer5 
 De novo 
  
  
 GEN1231R063 
 frameshift_variant 
 c.4048_4054del 
 p.Ala1350TrpfsTer14 
 De novo 
  
  
 GEN1231R064 
 frameshift_variant 
 c.4652_4661del 
 p.Met1551LysfsTer87 
 De novo 
  
  
 GEN1231R065 
 frameshift_variant 
 c.3152del 
 p.Ser1051ThrfsTer63 
 De novo 
  
  
 GEN1231R066 
 missense_variant 
 c.5386G>C 
 p.Glu1796Gln 
 Unknown 
  
 Simplex 

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
10
Duplication
 1
 
10
Deletion
 1
 
10
Deletion
 1
 
10
Deletion-Duplication
 11
 
10
Deletion
 2
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.