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Relevance to Autism

A compound heterozygous mutation in the EP400 gene was identified in an ASD proband from a nonconsanguineous family that showed evidence of distant shared ancestry as identified by homozygosity analysis (Chahrour et al., 2012). A de novo missense variant in the gene was subseuqently identified by exome sequencing in an ASD case from the Simons Simplex Collection (Iossifov et al., 2012).

Molecular Function

Component of the NuA4 histone acetyltransferase complex which is involved in transcriptional activation of select genes principally by acetylation of nucleosomal histones H4 and H2A. This modification may both alter nucleosome - DNA interactions and promote interaction of the modified histones with other proteins which positively regulate transcription. May be required for transcriptional activation of E2F1 and MYC target genes during cellular proliferation. The NuA4 complex ATPase and helicase activities seem to be, at least in part, contributed by the association of RUVBL1 and RUVBL2 with EP400. May regulate ZNF42 transcription activity. Component of a SWR1-like complex that specifically mediates the removal of histone H2A.Z/H2AFZ from the nucleosome.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Whole-exome sequencing and homozygosity analysis implicate depolarization-regulated neuronal genes in autism.
ASD
Support
Synaptic, transcriptional and chromatin genes disrupted in autism.
ASD
Support
De novo gene disruptions in children on the autistic spectrum.
ASD
Support
ASD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Mutational Landscape of Autism Spectrum Disorder Brain Tissue
ASD
Support
Exonic Mosaic Mutations Contribute Risk for Autism Spectrum Disorder.
ASD
Support
The genomic landscape of balanced cytogenetic abnormalities associated with human congenital anomalies.
DD, seizures
Recent Recommendation
Low load for disruptive mutations in autism genes and their biased transmission.
ASD
Recent Recommendation

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN353R001a 
 missense_variant 
 c.4945G>A 
 p.Ala1649Thr 
 Familial 
  
 Extended multiplex 
 GEN353R001b 
 missense_variant 
 c.6097C>T 
 p.Pro2033Ser 
 Familial 
  
 Extended multiplex 
 GEN353R002 
 missense_variant 
 c.5923G>A 
 p.Gly1975Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R003 
 frameshift_variant 
 c.1844_1847dup 
 p.Gln617LeufsTer75 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R004 
 frameshift_variant 
 c.85_86insG 
 p.Pro29ArgfsTer36 
 Familial 
  
 Multiplex 
 GEN353R005 
 frameshift_variant 
 c.85_86insG 
 p.Pro29ArgfsTer36 
 Familial 
  
 Simplex 
 GEN353R006 
 frameshift_variant 
 c.85_86insG 
 p.Pro29ArgfsTer36 
 Familial 
  
 Simplex 
 GEN353R007 
 frameshift_variant 
 c.85_86insG 
 p.Pro29ArgfsTer36 
 Familial 
  
 Simplex 
 GEN353R008 
 frameshift_variant 
 c.88dup 
 p.Ala30GlyfsTer35 
 Familial 
  
 Multiplex 
 GEN353R009 
 stop_gained 
 c.8854C>T 
 p.Pro2952Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R010 
 missense_variant 
 c.214G>A 
 p.Val72Met 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R011 
 missense_variant 
 c.2035G>C 
 p.Gly679Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R012 
 missense_variant 
 c.4031G>A 
 p.Gly1344Asp 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R013 
 missense_variant 
 c.4352G>A 
 p.Arg1451Gln 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R014 
 missense_variant 
 c.6436G>A 
 p.Glu2146Lys 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R015 
 missense_variant 
 c.7945G>A 
 p.Gly2649Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R016 
 missense_variant 
 c.7945G>A 
 p.Gly2649Ser 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R017 
 missense_variant 
 c.2460A>C 
 p.Glu820Asp 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R018 
 missense_variant 
 c.3850T>C 
 p.Tyr1284His 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R019 
 missense_variant 
 c.5338A>C 
 p.Thr1780Pro 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R020 
 missense_variant 
 c.5616G>C 
 p.Gln1872His 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R021 
 missense_variant 
 c.8429A>C 
 p.Gln2810Pro 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R022 
 missense_variant 
 c.8429A>C 
 p.Gln2810Pro 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R023 
 missense_variant 
 c.8429A>C 
 p.Gln2810Pro 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN353R024 
 missense_variant 
 c.4544C>G 
 p.Pro1515Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R025 
 missense_variant 
 c.5774A>G 
 p.Asn1925Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R026 
 missense_variant 
 c.5942A>G 
 p.His1981Arg 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R027 
 missense_variant 
 c.8986C>G 
 p.Leu2996Val 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R028 
 missense_variant 
 c.1335+1644C>T 
  
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R029 
 missense_variant 
 c.3388C>T 
 p.Leu1130Phe 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R030 
 missense_variant 
 c.4090C>T 
 p.Leu1364= 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R031 
 missense_variant 
 c.4352G>A 
 p.Arg1451Gln 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R032 
 missense_variant 
 c.5437C>T 
 p.Arg1813Trp 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R033 
 missense_variant 
 c.6097C>T 
 p.Pro2033Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R034 
 missense_variant 
 c.6097C>T 
 p.Pro2033Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R035 
 missense_variant 
 c.7535C>T 
 p.Pro2512Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R036 
 missense_variant 
 c.7958C>T 
 p.Thr2653Met 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R037 
 missense_variant 
 c.8071C>T 
 p.Arg2691Trp 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R038 
 missense_variant 
 c.8006C>T 
 p.Ala2669Val 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R039 
 missense_variant 
 c.8149C>T 
 p.Leu2717Phe 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN353R040 
 missense_variant 
 c.8453C>T 
 p.Pro2818Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN353R041 
 stop_gained 
 c.175C>T 
 p.Gln59Ter 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R042 
 missense_variant 
 c.2597A>C 
 p.Lys866Thr 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R043 
 missense_variant 
 c.8006C>T 
 p.Ala2669Val 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R044 
 missense_variant 
 c.8408C>T 
 p.Ala2803Val 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R045 
 missense_variant 
 c.2242C>T 
 p.Arg748Cys 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R046 
 missense_variant 
 c.2818G>A 
 p.Ala940Thr 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R047 
 missense_variant 
 c.3041G>A 
 p.Gly1014Glu 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R048 
 missense_variant 
 c.8863G>A 
 p.Val2955Ile 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R049 
 missense_variant 
 c.8926G>A 
 p.Ala2976Thr 
 Unknown 
  
 Unknown 
 GEN353R050 
 translocation 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN353R051 
 missense_variant 
 c.5818C>T 
 p.Arg1940Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R052 
 missense_variant 
 c.4324G>A 
 p.Val1442Met 
 Unknown 
  
  
 GEN353R053 
 synonymous_variant 
 c.3138T>C 
 p.Asn1046%3D 
 Unknown 
  
  
 GEN353R054 
 synonymous_variant 
 c.3771C>T 
 p.Val1257%3D 
 De novo 
  
  
 GEN353R055 
 missense_variant 
 c.428C>T 
 p.Pro143Leu 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN353R056 
 missense_variant 
 c.1117T>C 
 p.Tyr373His 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN353R057 
 intron_variant 
 c.1335+1573C>T 
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R058 
 synonymous_variant 
 c.3630G>A 
 p.Leu1210%3D 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN353R059 
 missense_variant 
 c.3889A>G 
 p.Lys1297Glu 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN353R060 
 stop_gained 
 c.7453C>T 
 p.Arg2485Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R061 
 synonymous_variant 
 c.8166G>A 
 p.Gln2722%3D 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R062 
 missense_variant 
 c.980T>G 
 p.Val327Gly 
 De novo 
  
  
 GEN353R063 
 missense_variant 
 c.3650A>G 
 p.Asn1217Ser 
 De novo 
  
  
 GEN353R064 
 synonymous_variant 
 c.6879C>T 
 p.Arg2293%3D 
 De novo 
  
  
 GEN353R065 
 missense_variant 
 c.6885G>C 
 p.Glu2295Asp 
 De novo 
  
  
 GEN353R066 
 inframe_insertion 
 c.842_859dup 
 p.Gln281_Pro286dup 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R067 
 synonymous_variant 
 c.5493G>A 
 p.Glu1831%3D 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R068 
 missense_variant 
 c.8411C>T 
 p.Pro2804Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN353R069 
 missense_variant 
 c.1088A>C 
 p.Gln363Pro 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN353R070 
 missense_variant 
 c.1190A>G 
 p.Gln397Arg 
 Familial 
 Paternal 
  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
12
Duplication
 3
 
12
Duplication
 1
 
12
Deletion-Duplication
 2
 
12
Duplication
 4
 
12
Deletion-Duplication
 31
 

No Animal Model Data Available


Interactor Symbol Interactor Name Interactor Organism Entrez ID Uniprot ID Interaction Type Evidence Reference
ACTBL2 actin, beta-like 2 345651 Q562R1 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
ACTL6A actin-like 6A 86 O96019 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
ALAS1 aminolevulinate, delta-, synthase 1 211 P13196 Y2H; bimolecular fluorescence complementation assay
Rolland T , et al. 2014
C20ORF20 MRG/MORF4L binding protein 55257 A8C4L5 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
CDKN1A cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1) 1026 P38936 ChIP
Chan HM , et al. 2005
CHD8 chromodomain helicase DNA binding protein 8 57680 Q9HCK8 CHIP-seq
Cotney J , et al. 2015
CTNNB1 catenin (cadherin-associated protein), beta 1, 88kDa 1499 Q9WU82 GST; MALDI-TOF
Sierra J , et al. 2006
E1A Early E1A 29.5 kDa protein 1460853 P03259 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
E2 Regulatory protein E2 1489080 P03120 IP/WB
Smith JA , et al. 2010
E2F1 E2F transcription factor 1 1869 Q01094 IP/WB
Helgason GV , et al. 2010
EP300 E1A binding protein p300 2033 Q9Y6B2 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
EPC1 enhancer of polycomb homolog 1 (Drosophila) 80314 Q9H2F5 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
FOXR1 Forkhead box protein R1 283150 Q6PIV2 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
FOXR2 Forkhead box protein R2 139628 Q6PJQ5 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
H2AFZ H2A histone family, member Z 3015 P0C0S5 SILAC; LC-MS/MS
Bnisch C , et al. 2012
HIST1H2BA Histone H2B type 1-A 255626 Q96A08 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
KAT5 K(lysine) acetyltransferase 5 10524 Q92993 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
KAT5 K(lysine) acetyltransferase 5 10524 Q92993 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
MAX MYC associated factor X 4149 P61244 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
MDC1 mediator of DNA-damage checkpoint 1 9656 A1Z5I9 ChIP
Xu Y , et al. 2010
MEAF6 MYST/Esa1-associated factor 6 64769 Q9HAF1 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
MORF4L1 mortality factor 4 like 1 10933 B7Z6R1 TAP; MS
Sy SM , et al. 2009
MORF4L1 mortality factor 4 like 1 10933 B7Z6R1 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
MORF4L2 mortality factor 4 like 2 9643 Q15014 IP; MS
Hayakawa T , et al. 2010
MORF4L2 mortality factor 4 like 2 9643 Q15014 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
MYC v-myc myelocytomatosis viral oncogene homolog (avian) 4609 P01106 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
MZF1 myeloid zinc finger 1 7593 P28698 Y2H; IP/WB
Ogawa H , et al. 2003
NS3 Envelope small membrane protein 2648206 Q04854 Y2H; IP/WB
Iwai A , et al. 2011
PLAC1 placenta-specific 1 10761 Q9HBJ0 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
RBFOX1 RNA binding protein, fox-1 homolog (C. elegans) 1 54715 Q9NWB1 qRT-PCR; IP/WB; in situ hybridization; in silico target prediction
Fogel BL , et al. 2012
RUVBL1 RuvB-like 1 (E. coli) 8607 Q9Y265 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
RUVBL1 RuvB-like 1 (E. coli) 8607 Q9Y265 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
RUVBL2 RuvB-like 2 (E. coli) 10856 Q9Y230 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
RUVBL2 RuvB-like 2 (E. coli) 10856 Q9Y230 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
SSX3 Protein SSX3 10214 Q99909 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
STAT2 Signal transducer and activator of transcription 2 6773 P52630 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
TAT tyrosine aminotransferase 6898 P17735 GST; MS
Gautier VW , et al. 2009
TBC1D4 TBC1 domain family, member 4 9882 O60343 Y2H
Nakayama M , et al. 2002
TOP3B topoisomerase (DNA) III beta 8940 O95985 HITS-CLIP
Xu D , et al. 2013
TP53 tumor protein p53 7157 P04637 ChIP
Chan HM , et al. 2005
TRRAP transformation/transcription domain-associated protein 8295 Q9Y4A5 IP/WB
Fuchs M , et al. 2001
UBC ubiquitin C 7316 P63279 LC-MS/MS
Danielsen JM , et al. 2010
UL27 Envelope glycoprotein B 2703455 P10211 IP; MS; IP/WB
Reitsma JM , et al. 2011
YEATS4 YEATS domain containing 4 8089 O95619 IP; LC-MS/MS
Huttlin EL , et al. 2015
ZMYND11 zinc finger, MYND-type containing 11 10771 Q5BJG6 IP/WB
Zhang W , et al. 2007
Arhgef12 Rho guanine nucleotide exchange factor (GEF) 12 69632 Q8R4H2 ChIP
Fazzio TG , et al. 2008
Col4a1 collagen, type IV, alpha 1 12826 P02463 ChIP
Fazzio TG , et al. 2008
Cul3 cullin 3 26554 Q9JLV5 IP/WB
Mathew R , et al. 2012
Dmap1 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 66233 B1AUK1 IP; MS; IP/WB
Kim J , et al. 2010
FMR1 fragile X mental retardation 1 14265 P35922 HITS-CLIP
Darnell JC , et al. 2011
Gata4 GATA binding protein 4 14463 Q08369 ChIP
Fazzio TG , et al. 2008
Gata6 GATA binding protein 6 14465 Q61169 ChIP
Fazzio TG , et al. 2008
Lars leucyl-tRNA synthetase 107045 Q7TSZ3 ChIP
Fazzio TG , et al. 2008
Phf5a PHD finger protein 5A 68479 P83870 Y2H
Rzymski T , et al. 2008
Rps9 ribosomal protein S9 76846 Q6ZWN5 ChIP
Fazzio TG , et al. 2008

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