HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

35 unique de novo variants (including 19 predicted loss-of-function alleles and 5 missense variants experimentally shown to be loss-of-function) in the DDX3X gene were identified in 38 female cases with intellectual disability, 20 of whom also presented with behavioral problems including autism spectrum disorder, hyperactivity, and aggression (Snijders Blok et al., 2015). A de novo splice-site variant in this gene was also identified in an ASD proband from the Simons Simplex Collection (Iossifov et al., 2014).

Molecular Function

The protein encoded by this gene is a member of the large DEAD-box protein family, that is defined by the presence of the conserved Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) motif,and acts as a multifunctional ATP-dependent RNA helicase. Nuclear roles for the encoded protein include transcriptional regulation, mRNP assembly, pre-mRNA splicing, and mRNA export, while in the cytoplasm, this protein is thought to be involved in translation and cellular signaling.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Mutations in DDX3X Are a Common Cause of Unexplained Intellectual Disability with Gender-Specific Effects on Wnt Signaling.
ID
ASD
Support
A hypomorphic inherited pathogenic variant in DDX3X causes male intellectual disability with additional neurodevelopmental and neurodegenerative fe...
X-linked mental retardation-102 (MRX102)
Support
Expansion of phenotype of DDX3X syndrome: six new cases.
X-linked mental retardation-102 (MRX102)
Support
Whole genome sequencing resource identifies 18 new candidate genes for autism spectrum disorder
ASD
Support
Large-scale targeted sequencing identifies risk genes for neurodevelopmental disorders
ASD, DD, ID
Support
Integrative Analyses of De Novo Mutations Provide Deeper Biological Insights into Autism Spectrum Disorder.
ASD
Support
Increased diagnostic and new genes identification outcome using research reanalysis of singleton exome sequencing.
ID
Support
Meta-analysis of 2,104 trios provides support for 10 new genes for intellectual disability
ID
Support
A de novo DDX3X Variant Is Associated With Syndromic Intellectual Disability: Case Report and Literature Review
Intellectual developmental disorder, X-linked, syn
DD, ID, epilepsy/seizures, stereotypy
Support
High Rate of Recurrent De Novo Mutations in Developmental and Epileptic Encephalopathies.
Epilepsy/seizures
DD/ID
Support
Exome Sequencing in 200 Intellectual Disability/Autistic Patients: New Candidates and Atypical Presentations
ASD, ID
DD
Support
Lessons Learned from Large-Scale, First-Tier Clinical Exome Sequencing in a Highly Consanguineous Population.
ID, ADHD
Autistic features, stereotypies
Support
Identification of Intellectual Disability Genes in Female Patients with A Skewed X Inactivation Pattern.
ID
Support
A recurrent PJA1 variant in trigonocephaly and neurodevelopmental disorders
DD
Support
Genomic diagnosis for children with intellectual disability and/or developmental delay.
ID
Support
Developmental and Behavioral Phenotypes in a Mouse Model of DDX3X Syndrome
Intellectual developmental disorder, X-linked, syn
Support
Three de novo DDX3X variants associated with distinctive brain developmental abnormalities and brain tumor in intellectually disabled females.
X-linked mental retardation-102 (MRX102)
Autistic features (hand stereotypies)
Support
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Severe childhood speech disorder: Gene discovery highlights transcriptional dysregulation
Childhood apraxia of speech
ASD, DD, ID
Support
DDX3X mutations in two girls with a phenotype overlapping Toriello-Carey syndrome.
ID, epilepsy/seizures
Hypotonia, microcephaly
Support
Prospective and detailed behavioral phenotyping in DDX3X syndrome
X-linked mental retardation-102 (MRX102)
ASD, DD
Support
Inherited and multiple de novo mutations in autism/developmental delay risk genes suggest a multifactorial model.
ASD
Support
Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability
ID
Marfanoid habitus
Support
A clinical utility study of exome sequencing versus conventional genetic testing in pediatric neurology.
DD, ID
Support
De novo variants in neurodevelopmental disorders-experiences from a tertiary care center
DD
ASD, ID
Support
Phenotypic expansion in DDX3X - a common cause of intellectual disability in females.
X-linked mental retardation-102 (MRX102)
Support
Inherited and De Novo Genetic Risk for Autism Impacts Shared Networks.
ASD
Support
Lessons learned from additional research analyses of unsolved clinical exome cases.
DD, ID
Epilepsy/seizures, microcephaly
Support
Comprehensive Genetic Analysis of Non-syndromic Autism Spectrum Disorder in Clinical Settings
ASD
Recent Recommendation
Pathogenic DDX3X Mutations Impair RNA Metabolism and Neurogenesis during Fetal Cortical Development
X-linked mental retardation-102 (MRX102)
ASD, ADHD

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN745R001 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R002 
 stop_gained 
 c.233C>G 
 p.Ser78Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R003 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R004 
 stop_gained 
 c.136C>T 
 p.Arg46Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R005 
 missense_variant 
 c.1601G>A 
 p.Arg534His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R006 
 missense_variant 
 c.641T>C 
 p.Ile214Thr 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R007 
 missense_variant 
 c.1520T>C 
 p.Ile507Thr 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R008 
 missense_variant 
 c.977G>A 
 p.Arg326His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R009 
 frameshift_variant 
 c.-78del 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R010 
 frameshift_variant 
 c.1229_1230dup 
 p.Thr411LeufsTer10 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R011 
 frameshift_variant 
 c.160dup 
 p.Asp54GlyfsTer2 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R012 
 splice_site_variant 
 c.-83A>G 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R013 
 frameshift_variant 
 c.655dup 
 p.Asp219GlyfsTer76 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R014 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R015 
 missense_variant 
 c.1440A>T 
 p.Arg480Ser 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R016 
 stop_gained 
 c.873C>A 
 p.Tyr291Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R017 
 stop_gained 
 c.1693C>T 
 p.Gln565Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R018 
 frameshift_variant 
 c.590_591del 
 p.Leu197HisfsTer97 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R019 
 splice_site_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R020 
 frameshift_variant 
 c.599dup 
 p.Tyr200Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R021 
 frameshift_variant 
 c.1321del 
 p.Asp441IlefsTer3 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R022 
 frameshift_variant 
 c.1383dup 
 p.Tyr462IlefsTer3 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R023 
 frameshift_variant 
 c.439_440dup 
 p.Gln148AsnfsTer74 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R024 
 frameshift_variant 
 c.1535_1536del 
 p.His512ArgfsTer5 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R025 
 missense_variant 
 c.1541T>C 
 p.Ile514Thr 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R026 
 missense_variant 
 c.704T>C 
 p.Leu235Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R027 
 missense_variant 
 c.1175T>C 
 p.Leu392Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R028 
 missense_variant 
 c.1463G>A 
 p.Arg488His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R029 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R030 
 missense_variant 
 c.1250A>C 
 p.Gln417Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R031 
 missense_variant 
 c.698C>T 
 p.Ala233Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R032 
 stop_gained 
 c.931C>T 
 p.Arg311Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R033 
 splice_site_variant 
 c.46-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R034 
 inframe_deletion 
 c.734_736del 
 p.Asp245del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R035 
 missense_variant 
 c.1423C>G 
 p.Arg475Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R036 
 splice_site_variant 
 c.46-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R037 
 missense_variant 
 c.1703C>T 
 p.Pro568Leu 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R038 
 missense_variant 
 c.581A>T 
 p.Asn194Ile 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R039 
 missense_variant 
 c.1084C>T 
 p.Arg362Cys 
 Familial 
 Maternal 
 Extended multiplex 
 GEN745R040 
 missense_variant 
 c.107G>A 
 p.Gly36Glu 
 Familial 
 Maternal 
 Extended multiplex 
 GEN745R041 
 missense_variant 
 c.898G>T 
 p.Val300Phe 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN745R042 
 splice_site_variant 
 c.1171-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R043 
 missense_variant 
 c.856G>A 
 p.Ala286Thr 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN745R044 
 stop_gained 
 c.577G>T 
 p.Gly193Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R045 
 frameshift_variant 
 c.1229_1230dup 
 p.Thr411LeufsTer10 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R046 
 splice_site_variant 
 c.865-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R047 
 frameshift_variant 
 c.269dup 
 p.Ser90ArgfsTer8 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R048 
 frameshift_variant 
 c.641del 
 p.Ile214ThrfsTer7 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R049 
 missense_variant 
 c.595A>C;c.643A>C 
 p.Lys199Gln;p.Lys215Gln 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R050 
 missense_variant 
 c.758C>T 
 p.Ala253Val 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R051 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R052 
 missense_variant 
 c.362G>T 
 p.Arg121Leu 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN745R053 
 stop_gained 
 c.233C>G 
 p.Ser78Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R054 
 missense_variant 
 c.1703C>T 
 p.Pro568Leu 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R055 
 missense_variant 
 c.1600C>G 
 p.Arg534Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R056 
 stop_gained 
 c.745G>T 
 p.Glu249Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R057 
 stop_gained 
 c.619C>T 
 p.Gln207Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R058 
 missense_variant 
 c.1601G>A 
 p.Arg534His 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R059 
 missense_variant 
 c.977G>A 
 p.Arg326His 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R060 
 missense_variant 
 c.236G>A 
 p.Arg79Lys 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN745R061 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R062 
 missense_variant 
 c.949T>C 
 p.Cys317Arg 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R063 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R064 
 inframe_deletion 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R065 
 missense_variant 
 c.1244T>A 
 p.Ile415Asn 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R066 
 missense_variant 
 c.26C>G 
 p.Ala9Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R067 
 missense_variant 
 c.758C>T 
 p.Ala253Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R068 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
 Multiplex (monozygotic twins) 
 GEN745R069 
 frameshift_variant 
 c.-73_-72insTATA 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R070 
 stop_gained 
 c.874C>T 
 p.Arg292Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R071 
 missense_variant 
 c.887G>C 
 p.Arg296Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R072 
 inframe_insertion 
 c.236_241dup 
 p.Arg79_Gly80dup 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R073 
 missense_variant 
 c.1600C>T 
 p.Arg534Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R074 
 missense_variant 
 c.1600C>T 
 p.Arg534Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R075 
 missense_variant 
 c.1805G>A 
 p.Arg602Gln 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R076 
 stop_gained 
 NM_001193416.1:c.1804C>T 
 p.Arg602Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R077 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R078 
 stop_gained 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R079 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R080 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R081 
 missense_variant 
 c.88G>C 
 p.Gly30Arg 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R082 
 stop_gained 
 c.1386C>G 
 p.Tyr462Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN745R083 
 splice_site_variant 
 c.284+1G>A 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R084 
 splice_site_variant 
 c.-82G>A 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R085 
 missense_variant 
 c.1021T>C 
 p.Cys341Arg 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R086 
 missense_variant 
 c.1244T>A 
 p.Ile415Asn 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R087 
 inframe_deletion 
 c.262_264del 
 p.Arg88del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R088 
 missense_variant 
 c.1438A>G 
 p.Arg480Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R089 
 missense_variant 
 c.107G>A 
 p.Gly36Glu 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN745R090 
 splice_region_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R091 
 missense_variant 
 c.1304T>C 
 p.Leu435Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R092 
 splice_site_variant 
 c.46-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R093 
 missense_variant 
 c.1511G>A 
 p.Gly504Glu 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R094 
 inframe_indel 
 c.491_494delinsTCTC 
 p.Asp164_Asp165delinsValSer 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R095 
 inframe_deletion 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R096 
 frameshift_variant 
 c.147del 
 p.Gly51ValfsTer170 
 Familial 
  
  
 GEN745R097 
 frameshift_variant 
 c.833dup 
 p.Leu278PhefsTer17 
 Familial 
  
  
 GEN745R098 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R099 
 splice_site_variant 
 c.226dup 
 p.Ser76LysfsTer2 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R100 
 frameshift_variant 
 c.426_437del 
 p.Ser143_Leu146del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R101 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R102 
 frameshift_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R103 
 frameshift_variant 
 c.1776dup 
 p.Ser593Ter 
 De novo 
 NA 
 Multiplex 
 GEN745R104 
 inframe_deletion 
 c.685_687del 
 p.Gly229del 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN745R105 
 splice_site_variant 
 c.46-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R106 
 stop_gained 
 c.71C>A 
 p.Ser24Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R107 
 stop_gained 
 c.79C>T 
 p.Gln27Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R108 
 frameshift_variant 
 c.80dup 
 p.Ser28GlufsTer23 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R109 
 missense_variant 
 c.119C>G 
 p.Pro40Arg 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R110 
 frameshift_variant 
 c.126_129del 
 p.His42GlnfsTer178 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R111 
 frameshift_variant 
 c.147del 
 p.Gly51ValfsTer170 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R112 
 splice_site_variant 
 c.151+1G>T 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R113 
 stop_gained 
 c.173C>A 
 p.Ser58Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R114 
 stop_gained 
 c.173C>A 
 p.Ser58Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R115 
 frameshift_variant 
 c.192dup 
 p.Asp65ArgfsTer2 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R116 
 stop_gained 
 c.233C>G 
 p.Ser78Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R117 
 stop_gained 
 c.241_242insCTT 
 p.Lys81delinsThrTer 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R118 
 splice_site_variant 
 c.284+1G>A 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R119 
 splice_site_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R120 
 missense_variant 
 c.544T>G 
 p.Phe182Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R121 
 splice_site_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R122 
 missense_variant 
 c.569T>G 
 p.Ile190Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN745R123 
 missense_variant 
 c.592A>C 
 p.Thr198Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R124 
 stop_gained 
 c.599dup 
 p.Tyr200Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R125 
 missense_variant 
 c.610A>C 
 p.Thr204Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R126 
 missense_variant 
 c.616G>A 
 p.Val206Met 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R127 
 stop_gained 
 c.619C>T 
 p.Gln207Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R128 
 frameshift_variant 
 c.623del 
 p.Lys208SerfsTer13 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R129 
 frameshift_variant 
 c.641_643delinsCC 
 p.Ile214ThrfsTer7 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R130 
 missense_variant 
 c.672C>T 
 p.Ala224%3D 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R131 
 splice_site_variant 
  
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R132 
 frameshift_variant 
 c.691dup 
 p.Thr231AsnfsTer64 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R133 
 missense_variant 
 c.698C>T 
 p.Ala233Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R134 
 missense_variant 
 c.698C>T 
 p.Ala233Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R135 
 missense_variant 
 c.704T>A 
 p.Leu235Gln 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R136 
 stop_gained 
 c.731C>G 
 p.Ser244Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R137 
 stop_gained 
 c.745G>T 
 p.Glu249Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R138 
 frameshift_variant 
 c.749_750insGCCTC 
 p.Leu251ProfsTer3 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R139 
 missense_variant 
 c.764A>G 
 p.Lys255Arg 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R140 
 frameshift_variant 
 c.830_831del 
 p.Glu277ValfsTer17 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R141 
 frameshift_variant 
 c.831_832dup 
 p.Leu278CysfsTer44 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R142 
 missense_variant 
 c.857C>A 
 p.Ala286Asp 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R143 
 splice_site_variant 
 c.-82G>C 
  
 Unknown 
  
  
 GEN745R144 
 splice_site_variant 
 c.-82G>A 
  
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R145 
 frameshift_variant 
 c.868del 
 p.Ser290HisfsTer31 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R146 
 stop_gained 
 c.874C>T 
 p.Arg292Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R147 
 missense_variant 
 c.878C>T 
 p.Ser293Phe 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R148 
 missense_variant 
 c.887G>C 
 p.Arg296Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R149 
 missense_variant 
 c.968C>T 
 p.Thr323Ile 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R150 
 missense_variant 
 c.977G>A 
 p.Arg326His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R151 
 missense_variant 
 c.977G>A 
 p.Arg326His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R152 
 missense_variant 
 c.977G>A 
 p.Arg326His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R153 
 splice_site_variant 
 c.75T>G 
 p.Asp25Glu 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R154 
 splice_site_variant 
 c.70T>A 
 p.Ser24Thr 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R155 
 missense_variant 
 c.1052G>A 
 p.Arg351Gln 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN745R156 
 missense_variant 
 c.1088G>A 
 p.Arg363Lys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R157 
 missense_variant 
 c.1105A>G 
 p.Thr369Ala 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN745R158 
 frameshift_variant 
 c.1105dup 
 p.Thr369AsnfsTer14 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R159 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R160 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R161 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R162 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R163 
 inframe_deletion 
 c.1138_1140del 
 p.Met380del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R164 
 missense_variant 
 c.1144A>C 
 p.Ser382Arg 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R165 
 missense_variant 
 c.1175T>C 
 p.Leu392Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R166 
 inframe_deletion 
 c.1206_1208del 
 p.Phe402del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R167 
 missense_variant 
 c.281G>A 
 p.Gly94Glu 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R168 
 missense_variant 
 c.1243A>T 
 p.Ile415Phe 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R169 
 inframe_deletion 
 c.1244_1246del 
 p.Ile415del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R170 
 missense_variant 
 c.1245C>G 
 p.Ile415Met 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R171 
 missense_variant 
 c.1250A>C 
 p.Gln417Pro 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R172 
 frameshift_variant 
 c.1256del 
 p.Val419GlufsTer17 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R173 
 frameshift_variant 
 c.1276_1279del 
 p.Asp426AsnfsTer9 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R174 
 missense_variant 
 c.1292T>G 
 p.Leu431Arg 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R175 
 frameshift_variant 
 c.1321del 
 p.Asp441IlefsTer3 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R176 
 inframe_indel 
 c.1371_1382delinsCTC 
 p.Glu458_Leu461delinsSer 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R177 
 stop_gained 
 c.1372G>T 
 p.Glu458Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R178 
 frameshift_variant 
 c.1383dup 
 p.Tyr462IlefsTer3 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R179 
 frameshift_variant 
 c.1384_1385dup 
 p.His463ThrfsTer34 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R180 
 frameshift_variant 
 c.1395_1399del 
 p.Tyr466MetfsTer13 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R181 
 missense_variant 
 c.1399G>T 
 p.Ala467Ser 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN745R182 
 missense_variant 
 c.1438A>G 
 p.Arg480Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R183 
 missense_variant 
 c.1439G>C 
 p.Arg480Thr 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R184 
 missense_variant 
 c.1462C>T 
 p.Arg488Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R185 
 frameshift_variant 
 c.1462del 
 p.Arg488AlafsTer8 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R186 
 missense_variant 
 c.1463G>A 
 p.Arg488His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R187 
 missense_variant 
 c.1463G>A 
 p.Arg488His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R188 
 missense_variant 
 c.1463G>A 
 p.Arg488His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R189 
 missense_variant 
 c.1463G>A 
 p.Arg488His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R190 
 missense_variant 
 c.1481T>G 
 p.Ile494Ser 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R191 
 missense_variant 
 c.1490C>T 
 p.Ala497Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R192 
 missense_variant 
 c.1490C>T 
 p.Ala497Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R193 
 inframe_deletion 
 c.1491_1493del 
 p.Thr498del 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R194 
 missense_variant 
 c.1493C>T 
 p.Thr498Ile 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R195 
 splice_site_variant 
 c.551A>G 
 p.Asp184Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R196 
 splice_site_variant 
 c.551A>G 
 p.Asp184Gly 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R197 
 missense_variant 
 c.1513C>G 
 p.Leu505Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R198 
 frameshift_variant 
 c.1534_1535del 
 p.His512CysfsTer5 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R199 
 frameshift_variant 
 c.1535_1536del 
 p.His512ArgfsTer5 
 Unknown 
  
  
 GEN745R200 
 missense_variant 
 c.1541T>C 
 p.Ile514Thr 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R201 
 missense_variant 
 c.1582C>T 
 p.Arg528Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R202 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R203 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R204 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R205 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R206 
 stop_gained 
 c.1641insT 
 p.Arg548Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R207 
 missense_variant 
 c.1676T>A 
 p.Leu559His 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R208 
 stop_gained 
 c.1710G>A 
 p.Trp570Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R209 
 stop_gained 
 c.1728T>G 
 p.Tyr576Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R210 
 stop_gained 
 c.1804C>T 
 p.Arg602Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R211 
 stop_gained 
 c.1807C>T 
 p.Arg603Ter 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R212 
 frameshift_variant 
 c.147del 
 p.Gly51ValfsTer170 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R213 
 splice_site_variant 
 c.1616-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R214 
 frameshift_variant 
 c.1745dup 
 p.Ser583Ter 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R215 
 missense_variant 
 c.703C>T 
 p.Leu235%3D 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R216 
 missense_variant 
 c.1666T>G 
 p.Leu556Val 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R217 
 stop_gained 
 c.889C>T 
 p.Pro297Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN745R218 
 frameshift_variant 
 c.724dup 
 p.Ile242AsnfsTer53 
 Unknown 
  
  
 GEN745R219 
 missense_variant 
 c.971C>A 
 p.Pro324Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN745R220 
 splice_site_variant 
 c.1770-1G>A 
  
 Unknown 
  
  
 GEN745R221 
 frameshift_variant 
 c.869dup 
 p.Tyr291IlefsTer4 
 Unknown 
  
  
 GEN745R222 
 frameshift_variant 
 c.1834dup 
 p.Ser612LysfsTer19 
 Unknown 
  
  
 GEN745R223 
 frameshift_variant 
 c.1868dup 
 p.Gly624ArgfsTer6 
 Unknown 
  
  
 GEN745R224 
 stop_gained 
 c.600T>A 
 p.Tyr200Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN745R225 
 stop_gained 
 c.1712T>A 
 p.Leu571Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN745R226 
 frameshift_variant 
 c.724dup 
 p.Ile242AsnfsTer53 
 Unknown 
  
  
 GEN745R227 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 Unknown 
  
  
 GEN745R228 
 missense_variant 
 c.1595C>T 
 p.Thr532Met 
 Unknown 
  
  
 GEN745R229 
 missense_variant 
 c.895G>A 
 p.Val299Met 
 Unknown 
  
  
 GEN745R230 
 missense_variant 
 c.898G>T 
 p.Val300Phe 
 Unknown 
  
  
 GEN745R231 
 missense_variant 
 c.1703C>T 
 p.Pro568Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN745R232 
 missense_variant 
 c.976C>T 
 p.Arg326Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN745R233 
 splice_site_variant 
 c.1766A>G 
 p.Lys589Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN745R234 
 splice_site_variant 
 c.1498-2A>G 
  
 Unknown 
  
  
 GEN745R235 
 splice_site_variant 
 c.1766A>G 
 p.Lys589Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN745R236 
 missense_variant 
 c.1126C>T 
 p.Arg376Cys 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R237 
 missense_variant 
 c.1502C>A 
 p.Ala501Glu 
 De novo 
 NA 
  
 GEN745R238 
 missense_variant 
 c.1148C>G 
 p.Ala383Gly 
 De novo 
 NA 
 Unknown 
 GEN745R239 
 missense_variant 
 c.977G>A 
 p.Arg326His 
 De novo 
 NA 
 Unknown 
 GEN745R240 
 initiator_codon_variant 
 c.3G>C 
 p.Met1? 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R241 
 splice_region_variant 
 c.679+3_679+4inv 
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R242 
 frameshift_variant 
 c.723_724del 
 p.Gln241HisfsTer53 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R243 
 missense_variant 
 c.853G>A 
 p.Glu285Lys 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN745R244 
 splice_site_variant 
 c.865-1G>C 
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R245 
 missense_variant 
 c.875G>T 
 p.Arg292Leu 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R246 
 stop_gained 
 c.922C>T 
 p.Gln308Ter 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R247 
 missense_variant 
 c.976C>T 
 p.Arg326Cys 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R248 
 inframe_deletion 
 c.1138_1140del 
 p.Met380del 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R249 
 inframe_deletion 
 c.1206_1208del 
 p.Phe402del 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R250 
 splice_site_variant 
 c.1498-2A>G 
  
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R251 
 stop_gained 
 c.1710G>A 
 p.Trp570Ter 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R252 
 frameshift_variant 
 c.1474del 
 p.Ser492AlafsTer4 
 De novo 
 NA 
 Simplex 
 GEN745R253 
 missense_variant 
 c.976C>T 
 p.Arg326Cys 
 De novo 
 NA 
  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
X
Deletion
 1
 
X
Deletion
 4
 
X
Deletion-Duplication
 1
 
X
Deletion
 1
 
X
Duplication
 1
 
X
Deletion
 1
 
X
Deletion-Duplication
 18
 

Model Summary

Ddx3x happloinsufficient female mice show physical, sensory, and motor developmental delays, hyperactivity, anxiety-like behaviors, cognitive impairments, abnormal contextual fear memory and motor deficits. reduction in brain volume, with some regions (e.g., cortex and amygdala) disproportionally affected, cortical thinning, defective cortical lamination, abnormal glutamatergic neurons in the developing cortex. Motor function declined with age but not if mice were previously exposed to behavioral training (Boitnott A, et al, Biol Psych., 2021).

References

Type
Title
Author, Year
Primary
Developmental and Behavioral Phenotypes in a Mouse Model of DDX3X Syndrome

M_DDX3X_2_KO_HT

Model Type: genetic LOF
Model Genotype: Heterozygous
Mutation: The ddx3x^flox line was generated by introducing two loxp sites flanking exon 2 of mouse ddx3x in c57bl/6j embryonic stem cells. to generate the knockout allele, ddx3x^flox/flox females were crossed with b6.cg-edil3^tg(sox2-cre)1amc/j males (sox2-cre/+) (#008454; the jackson laboratory). sox2-cre is expressed in the epiblast at early gastrulation. at least 13 individuals with pathogenic loss-offunction mutations affecting exon 2 have been reported. ddx3x^flox/flox females were crossed with sox2-cre males to excise exon 2 and generate a ddx3x targeted allele.
Allele Type: Conditional knockout
Strain of Origin: C57BL/6J
Genetic Background: C57BL/6J
ES Cell Line: C57BL/6J
Mutant ES Cell Line: C57BL/6J
Model Source: Ozgene

M_DDX3X_2_KO_HT

Category
Entity
Quantity
Experimental Paradigm
Age at Testing
Hyperactivity1
Increased
Description: Explored both arms more
 Y-maze test
 4 months
Motor strength and endurance1
Decreased
Description: Hypotonia
 Righting reflex test
 P0-P21
Motor coordination and balance1
Decreased
Description: Able to hang on a wire as long as their littermates but they covered a reduced number of segments while moving on the wire, indicating intact endurance but decreased coordination
 Wire hang test
 4 months, 1 year
Grip strength1
Decreased
Description: Abnormal neuromuscular development, decreased grip
 Grip strength test
 P0-P21
Motor learning1
Decreased
Description: At 4 months both genotypes improved their performance (latency to fall) over the trials, showing no deficits in short-term or long-term learning; 1-year-old mice showed a decline in motor function and learning; late onset
 Accelerating rotarod test
 4 months
Motor coordination and balance1
Decreased
Description: 4-month old mice had no deficits in turning, but it took them longer to descend the pole; naïve 1- year-old mice had difficulties both turning and descending
 Vertical pole test
 4 months, 1 year
Postural reflex1
Decreased
Description: Took longer to flip onto their paws from a supine position
 Righting reflex test
 P0-P21
General locomotor activity1
Increased
Description: Moved faster
 Open field test
 4 months
Motor coordination and balance1
Decreased
Description: Shorter latency to fall
 Accelerating rotarod test
 4 months, 1 year
Hyperactivity1
Increased
Description: Increased spontaneous general activity
 Home cage behavior
 4 months
Negative Geotaxis1
Decreased
Description: Delayed acquisition of negative geotaxis skills
 Negative geotaxis test
 P2-P14
Gait1
Abnormal
Description: Transient alteration in gait, with changes at p19 and p22 that were no longer apparent by p30; early onset
 Footprint analysis
 P19, P22
Motor coordination and balance1
Decreased
Description: Four month-old mice covered a shorter distance on the balance beam and slipped more frequently; naïve one-year-old mice had a more pronounced loss of balance
 Balance beam test
 4 months. 1 year
Neuronal number1
Increased
Description: Higher number of cells in m2 region of the neocortex
 Immunohistochemistry
 P3
Brain development1
Abnormal
Description: Volumetric reduction disproportionally in the neocortex, part of the olfactory system (olfactory bulbs, olfactory tubercle, and lateral olfactory tract), and part of the limbic system (the amygdala and hippocampus, especially the subiculum)
 Magnetic resonance imaging (MRI)
 P3
Neuronal number1
Decreased
Description: Ctip21 neurons were reduced in m1, m2, and s1
 Immunohistochemistry
 4 months
Somatosensory cortical map architecture1
Abnormal
Description: S1 displayed fewer ctip2 neurons, especially in lv and more brn11 neurons but no changes in ctip2+ brn1+
 Immunohistochemistry
 P3
Neocortex morphology1
Decreased
Description: Neocortex is smaller
 Immunohistochemistry
 P3
Neuronal specification1
Abnormal
Description: Motor cortices show alteration of location and specification of ctip21 subpopulations (both scpns and its), with excess of ctip2+brn1+ and depletion of ctip2+satb2+ subpopulations
 Immunohistochemistry
 P3
Cortical lamination1
Abnormal
Description: Relative distribution of ctip2 neurons is altered in m1, tbr1 cthpn pool was increased in the dl
 Immunohistochemistry
 P3
Pain or nociception: mechanical1
Decreased
Description: Reduced limb withdrawal indicative of reduced nociception
 Von Frey filament test
 4 months
Visual placing reflex1
Decreased
Description: Delay in establishing visual placing competence
 Visual placing test
 P0-P21
Ear twitch reflex or Preyer's reflex1
Decreased
Description: Delays in ear twitch reflex and vibrissae-evoked forelimb placing
 Preyer's Reflex test
 P0-P21
Vestibulo-ocular reflex1
Decreased
Description: A labyrinth-related reflex measured as aversion to a cliff edge
 Cliff avoidance test
 P0-P21
Startle response: acoustic stimulus1
Decreased
Description: Delay in developing a startle reflex to an auditory stimulus
 Acoustic startle reflex test
 P0-P21
Aggression1
Decreased
Description: Decreased provoked biting reflex
 Cotton bud biting test
 4 months
Respiratory system development1
Abnormal
Description: Increased incidence of acute suppurative alveolitis
 Histology
 Not reported
Developmental trajectory1
Decreased
Description: Growth delay
 Body weight measurement
 P0-P21
Developmental trajectory1
Decreased
Description: Delay in eye opening, delayed pinna detachment, no delays in the development of the fur/skin or tooth eruption, delayed ear development
 General observations
 P0-P21
Size/growth1
Decreased
Description: Lower body weight in adulthood
 Body weight measurement
 Adult
Thigmotaxis1
Increased
Description: Explored the edges more
 Open field test
 4 months
Exploratory activity1
Increased
Description: Explored the arena more
 Open field test
 4 months
Anxiety1
Increased
Description: Mice entered the center zone as often as control mice but it took them longer to enter it and they spent less time in it
 Open field test
 4 months
Cued or contextual fear conditioning: Memory of context1
Decreased
Description: Recall was weaker upon exposure to context
 Fear conditioning test
 4 months
Targeted expression1
Decreased
Description: Decreased ddx3x protein in ddx3x het females
 Western blot
 P21
Targeted expression1
Decreased
Description: Decreased ddx3x mrna in ddx3x het females
 Quantitative PCR (qRT-PCR)
 P21
General characteristics1
 No change
 Histology
 P3
Mortality/lethality1
 No change
 General observations
 Adult
Anxiety1
 No change
 Elevated plus maze test
 4 months
Fear response1
 No change
 Fear conditioning test
 4 months
Cued or contextual fear conditioning: Memory of cue1
 No change
 Fear conditioning test
 4 months
Object recognition memory1
 No change
 Novel object recognition test
 4 months
Spatial working memory1
 No change
 Y-maze test
 4 months
Protein expression: In situ protein expression1
 No change
 Western blot
 P21
General locomotor activity: Ambulatory activity1
 No change
 Open field test
 P0-P21
Grasping reflex1
 No change
 Grasping reflex test
 P0-P21
Motor strength and endurance1
 No change
 Wire hang test
 4 months, 1 year
Righting response1
 No change
 Righting reflex test
 P0-P21
Brain size1
 No change
 Magnetic resonance imaging (MRI)
 P3
Social approach1
 No change
 Three-chamber social approach test
 4 months
Social dominance1
 No change
 Home cage behavior
 P0-P21
 Not Reported:

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.