HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

Rare inherited loss-of-function and damaging missense variants in the COL28A1 gene were identified in ASD probands from the Simons Simplex Collection (Krumm et al., 2015) and in Chinese ASD probands (Guo et al., 2017). Transmission and De Novo Association (TADA) analysis of a cohort of 536 Chinese ASD probands and 1457 Chinese controls in Guo et al., 2017 identified the COL28A1 gene as an ASD candidate gene with a PTADA between 0.005 and 0.01 (0.004605); however, PTADA for this gene failed to reach significance (P < 0.01) following TADA analysis using a combined cohort of Chinese ASD probands and controls, as well as ASD probands and controls from the Simons Simplex Collection and the Autism Sequencing Consortium.

Molecular Function

COL28A1 belongs to a class of collagens containing von Willebrand factor (VWF; MIM 613160) type A (VWFA) domains and may act as a cell-binding protein.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Excess of rare, inherited truncating mutations in autism.
ASD
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Inherited and De Novo Genetic Risk for Autism Impacts Shared Networks.
ASD
Recent Recommendation
Targeted sequencing and functional analysis reveal brain-size-related genes and their networks in autism spectrum disorders.
ASD

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN964R001 
 stop_gained 
 c.2293C>T 
 p.Gln765Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R002 
 stop_gained 
 C>A 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R003 
 stop_gained 
 C>A 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R004 
 stop_gained 
 C>A 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R005 
 stop_gained 
 C>A 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R006 
 splice_site_variant 
 c.1929+2T>C 
  
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R007 
 missense_variant 
 G>A 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R008 
 missense_variant 
 G>A 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R009 
 missense_variant 
 G>A 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R010 
 missense_variant 
 G>A 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R011 
 missense_variant 
 c.1544C>T 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R012 
 frameshift_variant 
 c.1307del 
 p.Asp436ValfsTer2 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R013 
 missense_variant 
 c.1210G>A 
 p.Gly404Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R014 
 missense_variant 
 c.305T>C 
 p.Val102Ala 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R015 
 missense_variant 
 c.305T>C 
 p.Val102Ala 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R016 
 frameshift_variant 
 c.2684dup 
 p.Val898SerfsTer7 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R017 
 missense_variant 
 c.2356T>A 
 p.Cys786Ser 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R018 
 stop_gained 
 c.2293C>T 
 p.Gln765Ter 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R019 
 stop_gained 
 c.2263G>T 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R020 
 stop_gained 
 c.2263G>T 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R021 
 stop_gained 
 c.2263G>T 
 p.Glu755Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R022 
 missense_variant 
 c.2165G>A 
 p.Gly722Asp 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R023 
 missense_variant 
 c.1544C>T 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R024 
 missense_variant 
 c.1544C>T 
 p.Pro515Leu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R025 
 frameshift_variant 
 c.1307del 
 p.Asp436ValfsTer2 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R026 
 frameshift_variant 
 c.1307del 
 p.Asp436ValfsTer2 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R027 
 frameshift_variant 
 c.1307del 
 p.Asp436ValfsTer2 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R028 
 missense_variant 
 c.305T>C 
 p.Val102Ala 
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R029 
 missense_variant 
 c.202A>G 
 p.Lys68Glu 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R030 
 splice_site_variant 
 c.124+2T>A 
  
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R031 
 splice_site_variant 
 c.124+2T>A 
  
 Familial 
 Paternal 
 Simplex 
 GEN964R032 
 splice_site_variant 
 c.124+2T>A 
  
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN964R033 
 frameshift_variant 
 c.2684dup 
 p.Val898SerfsTer7 
 Familial 
  
  
 GEN964R034 
 splice_site_variant 
 c.1791+1G>T 
  
 Familial 
  
  
 GEN964R035 
 stop_gained 
 c.1474C>T 
 p.Arg492Ter 
 Familial 
  
  
 GEN964R036 
 splice_site_variant 
 c.1096-1G>A 
  
 Familial 
  
  
 GEN964R037 
 frameshift_variant 
 c.989del 
 p.Pro330GlnfsTer108 
 Familial 
  
  
 GEN964R038 
 missense_variant 
 c.2165G>A 
 p.Gly722Asp 
 Familial 
  
  
 GEN964R039 
 stop_gained 
 c.2293C>T 
 p.Gln765Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex (monozygotic twins) 
 GEN964R040 
 splice_site_variant 
 c.814-2A>T 
  
 Familial 
 Paternal 
 Multiplex 
 GEN964R041 
 missense_variant 
 c.2940T>G 
 p.Ile980Met 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN964R042 
 missense_variant 
 c.2006C>T 
 p.Pro669Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN964R043 
 stop_gained 
 c.1286C>G 
 p.Ser429Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN964R044 
 stop_gained 
 c.2293C>T 
 p.Gln765Ter 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
7
Deletion-Duplication
 30
 
7
Duplication
 4
 
7
Duplication
 1
 
7
Duplication
 1
 
7
Duplication
 1
 
7
Duplication
 1
 
7
Duplication
 2
 
7
Deletion
 2
 

No Animal Model Data Available

No PIN Data Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.