HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

Heterozygous mutations in the CDK13 gene are associated with congenital heart defects, dysmorphic facial features, and intellectual developmental disorder (CHDFIDD; OMIM 617360) (Sifrim et al., 2016; Bostwick et al., 2017). Phenotypic characterization of 16 individuals with heterozygous CDK13 variants in Hamilton et al., 2017 demonstrated that, in addition to previously identified phenotypes such as developmental delay, structural cardiac anomalies, and dysmorphic features, six patients had a diagnosis of autism spectrum disorder, while an additional two patients displayed autistic traits or stereotypies. A de novo missense variant that was predicted to be damaging was identified in an ASD proband from the Simons Simplex Collection in Iossifov et al., 2014.

Molecular Function

The protein encoded by this gene is a member of the cyclin-dependent serine/threonine protein kinase family. Cyclin-dependent kinase which displays CTD kinase activity and is required for RNA splicing. Has CTD kinase activity by hyperphosphorylating the C-terminal heptapeptide repeat domain (CTD) of the largest RNA polymerase II subunit RPB1, thereby acting as a key regulator of transcription elongation. Required for RNA splicing, probably by phosphorylating SRSF1/SF2.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Heterozygous mutations affecting the protein kinase domain of CDK13 cause a syndromic form of developmental delay and intellectual disability.
Congenital heart defects, dysmorphic facial featur
ASD
Support
Phenotypic and molecular characterisation of CDK13-related congenital heart defects, dysmorphic facial features and intellectual developmental diso...
Congenital heart defects, dysmorphic facial featur
Support
Severe childhood speech disorder: Gene discovery highlights transcriptional dysregulation
Childhood apraxia of speech
DD
Support
Distinct genetic architectures for syndromic and nonsyndromic congenital heart defects identified by exome sequencing.
Congenital heart defects, dysmorphic facial featur
Support
Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability
ID
Marfanoid habitus
Support
The utility of DNA methylation signatures in directing genome sequencing workflow: Kabuki syndrome and CDK13-related disorder
DD
Support
Structural and Functional Analysis of the Cdk13/Cyclin K Complex.
Support
Inherited and De Novo Genetic Risk for Autism Impacts Shared Networks.
ASD
Support
Genetic of preimplantation diagnosis of dysmorphic facial features and intellectual developmental disorder (CHDFIDD) without congenital heart defects
DD, ID
Autistic features
Support
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Variantrecurrence in neurodevelopmental disorders: the use of publicly available genomic data identifies clinically relevant pathogenic missense v...
DD
Support
A single center experience with publicly funded clinical exome sequencing for neurodevelopmental disorders or multiple congenital anomalies
ASD, DD, ID, epilepsy/seizures
Support
De novo variants in CDK13 associated with syndromic ID/DD; molecular and clinical delineation of 15 individuals and a further review.
DD, ID
ASD, ADHD
Support
Exploring the biological role of postzygotic and germinal de novo mutations in ASD
ASD
Support
NDD
Support
Redefining the phenotypic spectrum of de novo heterozygous CDK13 variants: Three patients without cardiac defects.
DD, ID
Support
Large-scale targeted sequencing identifies risk genes for neurodevelopmental disorders
ASD, DD
Recent Recommendation
Craniosynostosis
ASD
Recent Recommendation
DD
ASD, ADHD, ID

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN982R001 
 missense_variant 
 c.2140G>C 
 p.Gly714Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R002 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R003 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R004 
 missense_variant 
 c.2156T>G 
 p.Val719Gly 
 De novo 
  
  
 GEN982R005 
 missense_variant 
 c.2201A>G 
 p.Lys734Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R006 
 missense_variant 
 c.2252G>A 
 p.Arg751Gln 
 De novo 
  
  
 GEN982R007 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R008 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R009 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R010 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R011 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R012 
 missense_variant 
 c.2524A>G 
 p.Asn842Asp 
 De novo 
  
  
 GEN982R013 
 missense_variant 
 c.2579G>A 
 p.Arg860Gln 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN982R014 
 missense_variant 
 c.2620G>T 
 p.Val874Leu 
 De novo 
  
  
 GEN982R015 
 missense_variant 
 c.2686G>A 
 p.Asp896Asn 
 De novo 
  
  
 GEN982R016 
 splice_site_variant 
 c.2898-1G>A 
  
 De novo 
  
  
 GEN982R017 
 missense_variant 
 c.2375A>T 
 p.Glu792Val 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R018 
 missense_variant 
 c.2524A>G 
 p.Asn842Asp 
 De novo 
  
  
 GEN982R019 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R020 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R021 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R022 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R023 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R024 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R025 
 missense_variant 
 c.2200A>G 
 p.Lys734Glu 
 De novo 
  
  
 GEN982R026 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN982R027 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R028 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R029 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R030 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R031 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R032 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R033 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R034 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R035 
 missense_variant 
 c.2141G>A 
 p.Gly714Asp 
 De novo 
  
  
 GEN982R036 
 missense_variant 
 c.2209C>T 
 p.Arg737Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R037 
 missense_variant 
 c.2638C>T 
 p.Arg880Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R038 
 splice_site_variant 
 c.2600+4940A>G 
  
 De novo 
  
 Multiplex (monozygotic twins) 
 GEN982R039 
 frameshift_variant 
 c.484dup 
 p.Ala162GlyfsTer108 
 De novo 
  
  
 GEN982R040 
 frameshift_variant 
 c.484dup 
 p.Ala162GlyfsTer108 
 De novo 
  
  
 GEN982R041 
 frameshift_variant 
 c.484dup 
 p.Ala162GlyfsTer108 
 Unknown 
  
  
 GEN982R042 
 stop_gained 
 c.2995C>T 
 p.Arg999Ter 
 De novo 
  
  
 GEN982R043 
 stop_gained 
 c.3073C>T 
 p.Arg1025Ter 
 De novo 
  
  
 GEN982R044 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R045 
 stop_gained 
 c.3400G>T 
 p.Gly1134Ter 
 Familial 
 Paternal 
 Multiplex 
 GEN982R046 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R047 
 stop_gained 
 c.2995C>T 
 p.Arg999Ter 
 De novo 
  
  
 GEN982R048 
 stop_gained 
 c.2578C>T 
 p.Arg860Ter 
 Familial 
 Paternal 
  
 GEN982R049 
 missense_variant 
 c.2080G>T 
 p.Asp694Tyr 
 Unknown 
  
  
 GEN982R050 
 missense_variant 
 c.2669G>A 
 p.Arg890Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN982R051 
 missense_variant 
 c.2669G>A 
 p.Arg890Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN982R052 
 frameshift_variant 
 c.2322_2325del 
 p.Glu775MetfsTer23 
 Unknown 
  
  
 GEN982R053 
 frameshift_variant 
 c.2751del 
 p.Gln918ArgfsTer6 
 Unknown 
  
  
 GEN982R054 
 frameshift_variant 
 c.4156_4157insTA 
 p.His1386LeufsTer20 
 Unknown 
  
  
 GEN982R055 
 missense_variant 
 c.1928G>A 
 p.Arg643Gln 
 Unknown 
  
  
 GEN982R056 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN982R057 
 missense_variant 
 c.2620G>T 
 p.Val874Leu 
 Unknown 
  
  
 GEN982R058 
 missense_variant 
 c.2638C>A 
 p.Arg880Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN982R059 
 missense_variant 
 c.2638C>A 
 p.Arg880Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN982R060 
 stop_gained 
 c.1876C>T 
 p.Arg626Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R061 
 missense_variant 
 c.2671T>C 
 p.Tyr891His 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R062 
 missense_variant 
 c.2609A>G 
 p.Tyr870Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R063 
 missense_variant 
 c.2201A>C 
 p.Lys734Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R064 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN982R065 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN982R066 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R067 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R068 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R069 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R070 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R071 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R072 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R073 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R074 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R075 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R076 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN982R077 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R078 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R079 
 missense_variant 
 c.2525A>G 
 p.Asn842Ser 
 De novo 
  
  
 GEN982R080 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R081 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R082 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R083 
 missense_variant 
 c.2149G>A 
 p.Gly717Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R084 
 missense_variant 
 c.2140G>T 
 p.Gly714Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R085 
 missense_variant 
 c.2638C>T 
 p.Arg880Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R086 
 missense_variant 
 c.2638C>T 
 p.Arg880Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R087 
 missense_variant 
 c.2579G>A 
 p.Arg860Gln 
 De novo 
  
  
 GEN982R088 
 missense_variant 
 c.478G>C 
 p.Gly160Arg 
 Unknown 
  
  
 GEN982R089 
 missense_variant 
 c.2201A>G 
 p.Lys734Arg 
 De novo 
  
  
 GEN982R090 
 missense_variant 
 c.2511T>G 
 p.Asp837Glu 
 De novo 
  
  
 GEN982R091 
 missense_variant 
 c.2263A>T 
 p.Ile755Phe 
 De novo 
  
  
 GEN982R092 
 missense_variant 
 c.2956C>T 
 p.Arg986Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R093 
 missense_variant 
 c.2519G>A 
 p.Cys840Tyr 
 De novo 
  
  
 GEN982R094 
 missense_variant 
 c.2563G>C 
 p.Asp855His 
 De novo 
  
  
 GEN982R095 
 splice_site_variant 
 c.3688+1G>A 
  
 De novo 
  
  
 GEN982R096 
 stop_gained 
 c.1630C>T 
 p.Gln544Ter 
 De novo 
  
  
 GEN982R097 
 frameshift_variant 
 c.484dup 
 p.Ala162GlyfsTer108 
 De novo 
  
  
 GEN982R098 
 frameshift_variant 
 c.336del 
 p.Gln113ArgfsTer28 
 De novo 
  
  
 GEN982R099 
 missense_variant 
 c.2638C>T 
 p.Arg880Cys 
 De novo 
  
  
 GEN982R100 
 missense_variant 
 c.2602C>T 
 p.Arg868Trp 
 De novo 
  
  
 GEN982R101 
 missense_variant 
 c.2572C>G 
 p.Leu858Val 
 De novo 
  
 Simplex 
  et al.  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
7
Deletion-Duplication
 22
 
7
Deletion-Duplication
 2
 
7
Duplication
 1
 
7
Duplication
 1
 
7
Deletion
 2
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.