HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

Rare variants in the BCL11B gene are responsible for intellectual developmental disorder with dysmorphic facies, speech delay, and T-cell abnormalities (OMIM 618092), a neurodevelopmental disorder characterized by developmental delay, intellectual disability, behavioral abnormalities including autism spectrum disorder or autistic features, dysmorphic features, and immunological abnormalities (Lessel et al., 2018; Sabbagh et al., 2023). Additional rare de novo variants in the BCL11B gene, including a de novo loss-of-function variant and three de novo missense variants, have been reported in ASD probands (Satterstrom et al., 2020; Zhou et al., 2022).

Molecular Function

This gene encodes a C2H2-type zinc finger protein and is closely related to BCL11A, a gene whose translocation may be associated with B-cell malignancies. Although the specific function of this gene has not been determined, the encoded protein is known to be a transcriptional repressor, and is regulated by the NURD nucleosome remodeling and histone deacetylase complex.

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
Clinico-biological refinement of BCL11B-related disorder and identification of an episignature: A series of 20 unreported individuals
DD, ID
ASD, ADHD
Support
Exome sequencing improves the molecular diagnostics of paediatric unexplained neurodevelopmental disorders
DD, ID
Support
Reanalysis of Trio Whole-Genome Sequencing Data Doubles the Yield in Autism Spectrum Disorder: De Novo Variants Present in Half
ASD
Learning disability
Support
A novel heterozygous mutation of BCL11B gene causes neurodevelopmental disorder and middle type hypospadias in a Chinese boy with 5 years follow-up
Intellectual developmental disorder with dysmorphi
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Massively parallel characterization of non-coding de novo mutations in autism spectrum disorder
ASD
Support
Large-Scale Exome Sequencing Study Implicates Both Developmental and Functional Changes in the Neurobiology of Autism
ASD
Support
BCL11B-related disease: a single phenotypic entity?
DD, ID
Autistic features
Support
BCL11B mutations in patients affected by a neurodevelopmental disorder with reduced type 2 innate lymphoid cells
Intellectual developmental disorder with dysmorphi
Autistic features
Support
Next-generation phenotyping integrated in a national framework for patients with ultrarare disorders improves genetic diagnostics and yields new molecular findings
DD
ASD
Support
Regulation of hippocampal mossy fiber-CA3 synapse function by a Bcl11b/C1ql2/Nrxn3(25b+) pathway
Recent Recommendation
DNA-binding affinity and specificity determine the phenotypic diversity in BCL11B-related disorders
DD, ID
ASD, ADHD, OCD, epilepsy/seizures

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN1423R001 
 frameshift_variant 
 c.1952_1964del 
 p.Val651GlyfsTer68 
 De novo 
  
  
 GEN1423R002 
 frameshift_variant 
 c.1887_1893del 
 p.Gly630ThrfsTer91 
 De novo 
  
  
 GEN1423R003 
 frameshift_variant 
 c.1967del 
 p.Gly656AlafsTer67 
 De novo 
  
  
 GEN1423R004 
 frameshift_variant 
 c.1887_1893del 
 p.Gly630ThrfsTer91 
 De novo 
  
  
 GEN1423R005 
 frameshift_variant 
 c.2616_2617del 
 p.Met873GlufsTer11 
 De novo 
  
  
 GEN1423R006 
 frameshift_variant 
 c.1944_1965del 
 p.Gly649AlafsTer67 
 De novo 
  
  
 GEN1423R007 
 missense_variant 
 c.2476T>C 
 p.Cys826Arg 
 De novo 
  
  
 GEN1423R008 
 missense_variant 
 c.2258C>G 
 p.Ser753Cys 
 De novo 
  
  
 GEN1423R009 
 frameshift_variant 
 c.657del 
 p.Ser220AlafsTer61 
 De novo 
  
  
 GEN1423R010 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1423R011 
 frameshift_variant 
 c.1500dup 
 p.Gly501ArgfsTer16 
 De novo 
  
  
 GEN1423R012 
 frameshift_variant 
 c.784_820del 
 p.Arg262TrpfsTer7 
 De novo 
  
  
 GEN1423R013 
 frameshift_variant 
 c.1216_1217insACGC 
 p.Thr406AsnfsTer112 
 De novo 
  
  
 GEN1423R014 
 stop_gained 
 c.682C>T 
 p.Gln228Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1423R015 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1423R016 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1423R017 
 frameshift_variant 
 c.2646_2649del 
 p.Asn884ThrfsTer112 
 De novo 
  
  
 GEN1423R018 
 copy_number_loss 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1423R019 
 frameshift_variant 
 c.1944_1965del 
 p.Gly649AlafsTer67 
 De novo 
  
  
 GEN1423R020 
 stop_gained 
 c.2473A>T 
 p.Lys825Ter 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1423R021 
 frameshift_variant 
 c.600_606dup 
 p.Glu203SerfsTer15 
 Familial 
 Maternal 
 Multiplex 
 GEN1423R022 
 frameshift_variant 
 c.600_606dup 
 p.Glu203SerfsTer15 
 Unknown 
  
  
 GEN1423R023 
 initiator_codon_variant 
 c.2T>C 
 p.Met1? 
 De novo 
  
  
 GEN1423R024 
 missense_variant 
 c.2174C>A 
 p.Pro725His 
 De novo 
  
  
 GEN1423R025 
 frameshift_variant 
 c.2446_2453dup 
 p.Gly819AlafsTer27 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R026 
 frameshift_variant 
 c.1944_1965del 
 p.Gly649AlafsTer67 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R027 
 frameshift_variant 
 c.2668del 
 p.Ala890ProfsTer106 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R028 
 frameshift_variant 
 c.1499dup 
 p.Thr501HisfsTer15 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R029 
 missense_variant 
 c.2421C>G 
 p.Asn807Lys 
 De novo 
  
  
 GEN1423R030 
 frameshift_variant 
 c.239del 
 p.Cys80LeufsTer76 
 De novo 
  
  
 GEN1423R031 
 frameshift_variant 
 c.1597del 
 p.Asp533ThrfsTer29 
 Familial 
 Maternal 
  
 GEN1423R032 
 translocation 
  
  
 De novo 
  
  
 GEN1423R033 
 translocation 
  
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R034 
 stop_gained 
 c.1495G>T 
 p.Glu499Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1423R035 
 stop_gained 
 c.1362_1364del 
 p.Tyr454_Lys455delinsTer 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R036 
 frameshift_variant 
 c.1549del 
 p.Arg517AlafsTer45 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R037 
 missense_variant 
 c.56C>G 
 p.Thr19Ser 
 De novo 
  
  
 GEN1423R038 
 missense_variant 
 c.2631C>G 
 p.His877Gln 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R039 
 frameshift_variant 
 c.2494dup 
 p.Ala832GlyfsTer53 
 De novo 
  
  
 GEN1423R040 
 missense_variant 
 c.13A>C 
 p.Lys5Gln 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R041 
 missense_variant 
 c.2036C>T 
 p.Pro679Leu 
 Familial 
 Paternal 
 Multiplex 
 GEN1423R042 
 frameshift_variant 
 c.2037del 
 p.Leu681SerfsTer42 
 De novo 
  
  
 GEN1423R043 
 missense_variant 
 c.2421C>G 
 p.Asn807Lys 
 De novo 
  
  
 GEN1423R044 
 frameshift_variant 
 c.1742del 
 p.Gly581AlafsTer24 
 De novo 
  
  
 GEN1423R045 
 stop_gained 
 c.2472C>A 
 p.Tyr824Ter 
 De novo 
  
  
 GEN1423R046 
 stop_gained 
 c.183_189delTCAAATG 
 p.Cys61Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R047 
 stop_gained 
 c.183_189delTCAAATG 
 p.Cys61Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R048 
 frameshift_variant 
 c.1460_1485delGCTCCGACGACGGGCTCTCGGCCGCC 
 p.Arg487GlnfsTer21 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R049 
 frameshift_variant 
 c.1474delC 
 p.Leu492SerfsTer71 
 Familial 
 Maternal 
 Simplex 
 GEN1423R050 
 frameshift_variant 
 c.1552delC 
 p.Arg518AlafsTer45 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R051 
 frameshift_variant 
 c.1742delG 
 p.Gly581AlafsTer24 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R052 
 frameshift_variant 
 c.1770_1771delGA 
 p.Lys591GlyfsTer293 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R053 
 frameshift_variant 
 c.1887_1893delCGGCGGG 
 p.Gly630ThrfsTer91 
 Unknown 
  
  
 GEN1423R054 
 frameshift_variant 
 c.1887_1893delCGGCGGG 
 p.Gly630ThrfsTer91 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R055 
 frameshift_variant 
 c.1887_1893delCGGCGGG 
 p.Gly630ThrfsTer91 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R056 
 frameshift_variant 
 c.1944_1965delCGGCGCGGTCAACGGGCGCGGG 
 p.Gly649AlafsTer67 
 De novo 
  
  
 GEN1423R057 
 frameshift_variant 
 c.1988delA 
 p.Glu663GlyfsTer60 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R058 
 frameshift_variant 
 c.2119_2126delGTGTACTCinsA 
 p.Val707SerfsTer14 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R059 
 frameshift_variant 
 c.2348delG 
 p.Gly783AlafsTer29 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R060 
 frameshift_variant 
 c.2448delG 
 p.Ser817AlafsTer27 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R061 
 frameshift_variant 
 c.2448_2461delGAGCCACACCGGCG 
 p.Ser817AlafsTer63 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R062 
 frameshift_variant 
 c.2449_2462delGCACCGGCGGAGCC 
 p.Ser817AlafsTer63 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R063 
 frameshift_variant 
 c.2439_2452dupGCACCGGCGGAGCC 
 p.His818ArgfsTer31 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R064 
 frameshift_variant 
 c.2439_2452dupGGCTCCGCCGGTGC 
 p.His818ArgfsTer31 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R065 
 frameshift_variant 
 c.2499delC 
 p.Cys833TrpfsTer11 
 De novo (germline mosaicism) 
  
 Multiplex 
 GEN1423R066 
 missense_variant 
 c.1407G>T 
 p.Lys469Asn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R067 
 missense_variant 
 c.1407G>C 
 p.Lys469Asn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R068 
 missense_variant 
 c.1414C>T 
 p.Arg472Cys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R069 
 missense_variant 
 c.2421C>G 
 p.Asn807Lys 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R070 
 missense_variant 
 c.2422T>C 
 p.Cys808Arg 
 Familial 
 Paternal 
 Multiplex 
 GEN1423R071 
 missense_variant 
 c.2507G>A 
 p.Ser836Asn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R072 
 missense_variant 
 c.2507G>A 
 p.Ser836Asn 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R073 
 missense_variant 
 c.2513A>C 
 p.Lys838Thr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R074 
 missense_variant 
 c.2513A>G 
 p.Lys838Arg 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R075 
 missense_variant 
 c.2519C>T 
 p.Thr840Met 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R076 
 missense_variant 
 c.2522G>T 
 p.Arg841Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R077 
 missense_variant 
 c.2525A>C 
 p.His842Pro 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R078 
 missense_variant 
 c.2536C>G 
 p.His846Asp 
 De novo 
  
  
 GEN1423R079 
 missense_variant 
 c.2629C>T 
 p.His877Tyr 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R080 
 frameshift_variant 
 c.781_808dup 
 p.Gly270AlafsTer256 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R081 
 frameshift_variant 
 c.2438_2459del 
 p.Val813AlafsTer24 
 De novo 
  
  
 GEN1423R082 
 copy_number_loss 
  
  
 Unknown 
  
  
 GEN1423R083 
 frameshift_variant 
 c.400_403dup 
 p.Cys135TyrfsTer61 
 De novo 
  
  
 GEN1423R084 
 intron_variant 
 c.428-11405C>T 
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN1423R085 
 frameshift_variant 
 c.1176_1179dup 
 p.Pro394GlufsTer124 
 De novo 
  
 Simplex 

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
14
Duplication
 1
 
14
Duplication
 2
 
14
Duplication
 1
 
14
Deletion
 1
 
14
Duplication
 2
 
14
Duplication
 1
 
14
Duplication
 3
 
14
Duplication
 1
 
14
Deletion-Duplication
 23
 
14
Deletion
 6
 
14
Deletion
 1
 
14
Deletion
 5
 

No Animal Model Data Available

No PIN Data Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.