HELP     Sign In
Search

Relevance to Autism

Novel de novo variants in the AHDC1 gene (one frameshift, one missense variant predicted to be benign) were identified in ASD probands from the Simons Simplex Collection in Iossifov et al., 2014. Exome sequencing of 2157 cases with intellectual disability or developmental delay in Yang et al., 2016 identified seven proband-patient trios with de novo AHDC1 variants; probands typically presented with developmental delay, intellectual disability, absent or limited speech, hypotonia, dysmorphic features, brain abnormalities, failure to thrive/feeding difficulties, and ataxia/gait abnormalities, and two of the seven probands were additionally diagnosed with autism based on DSM-IV or DSM-V criteria.

Molecular Function

This gene encodes a protein containing two AT-hooks, which likely function in DNA binding. Mutations in this gene were found in individuals with Xia-Gibbs syndrome (OMIM 615829), a syndrome characterized by intellectual disability, expressive language delay, hypotonia, and obstructive sleep apnea (Xia et al., 2014).

External Links

        

References

Type
Title
Type of Disorder
Associated Disorders
Author, Year
Primary
The contribution of de novo coding mutations to autism spectrum disorder
ASD
Support
Xia-Gibbs Syndrome in adulthood: a case report with insight into the natural history of the condition.
Xia-Gibbs syndrome
Support
Mutational Landscape of Autism Spectrum Disorder Brain Tissue
ASD
Support
MATR3 disruption in human and mouse associated with bicuspid aortic valve, aortic coarctation and patent ductus arteriosus.
ASD, DD
Congenital heart defects
Support
Integrating de novo and inherited variants in 42
ASD
Support
Variable Clinical Manifestations of Xia-Gibbs syndrome: Findings of Consecutively Identified Cases at a Single Children's Hospital.
Xia-Gibbs syndrome
ASD
Support
Integration of Artificial Intelligence, Blockchain, and Wearable Technology for Chronic Disease Management: A New Paradigm in Smart Healthcare
DD, ID, epilepsy/seizures
ASD
Support
De novo truncating mutations in AHDC1 in individuals with syndromic expressive language delay, hypotonia, and sleep apnea.
DD, ID
Support
Complex Diagnostics of Non-Specific Intellectual Developmental Disorder
DD, ID
Support
Exome Pool-Seq in neurodevelopmental disorders.
ID
Behavioral anomalies, microcephaly
Support
DD
Support
A single center experience with publicly funded clinical exome sequencing for neurodevelopmental disorders or multiple congenital anomalies
DD, ID
Epilepsy/seizures
Support
Genotype-phenotype spectrum and correlations in Xia-Gibbs syndrome: Report of five novel cases and literature review
Xia-Gibbs syndrome, DD, ID
ASD, ADHD, epilepsy/seizures
Support
Genomic diagnosis for children with intellectual disability and/or developmental delay.
ID
Support
ID
Support
Focusing on Autism Spectrum Disorder in Xia-Gibbs Syndrome: Description of a Female with High Functioning Autism and Literature Review
Xia-Gibbs syndrome, ASD
DD, epilepsy/seizures
Support
Genetic investigation of syndromic forms of obesity
ASD, DD
Support
Prevalence and architecture of de novo mutations in developmental disorders
Developmental disorders
Support
Phenotypic and protein localization heterogeneity associated with AHDC1 pathogenic protein-truncating alleles in Xia-Gibbs syndrome
Xia-Gibbs syndrome, DD, ID
ASD, epilepsy/seizures
Support
First reported cases with Xia-Gibbs syndrome from India harboring novel variants in AHDC1
Xia-Gibbs syndrome, DD
Autistic features, stereotypy, epilepsy/seizures
Support
The genomic landscape of balanced cytogenetic abnormalities associated with human congenital anomalies.
DD
Support
DD, ID
Epilepsy/seizures, autistic features
Support
Large-scale targeted sequencing identifies risk genes for neurodevelopmental disorders
ASD, DD
Support
Trio-based exome sequencing reveals a high rate of the de novo variants in intellectual disability
ID
Support
Meta-analysis of 2,104 trios provides support for 10 new genes for intellectual disability
ID
Recent Recommendation
The phenotypic spectrum of Xia-Gibbs syndrome.
Xia-Gibbs syndrome
ASD
Recent Recommendation
De novo truncating variants in the AHDC1 gene encoding the AT-hook DNA-binding motif-containing protein 1 are associated with intellectual disabili...
DD, ID
ASD

Rare

Variant ID
Variant Type
Allele Change
Residue Change
Inheritance Pattern
Inheritance Association
Family Type
Author, Year
 GEN824R001 
 frameshift_variant 
 c.1758dup 
 p.Arg587ThrfsTer56 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R002 
 missense_variant 
 c.1541C>T 
 p.Ser514Leu 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R003 
 frameshift_variant 
 c.1945del 
 p.Ala649ProfsTer83 
 De novo 
  
  
 GEN824R004 
 frameshift_variant 
 c.2529_2545del 
 p.Asp845ArgfsTer40 
 De novo 
  
  
 GEN824R005 
 frameshift_variant 
 c.1881del 
 p.Gln627HisfsTer105 
 De novo 
  
  
 GEN824R006 
 frameshift_variant 
 c.1122dup 
 p.Gly375ArgfsTer3 
 De novo 
  
  
 GEN824R007 
 frameshift_variant 
 c.3809del 
 p.Gln1270ArgfsTer75 
 De novo 
  
  
 GEN824R008 
 frameshift_variant 
 c.2373_2374del 
 p.Cys791TrpfsTer57 
 De novo 
  
  
 GEN824R009 
 stop_gained 
 c.1480A>T 
 p.Lys494Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R010 
 frameshift_variant 
 c.2373_2374del 
 p.Cys791TrpfsTer57 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R011 
 frameshift_variant 
 c.2898del 
 p.Tyr967ThrfsTer175 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R012 
 frameshift_variant 
 c.2373_2374del 
 p.Cys791TrpfsTer57 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R013 
 frameshift_variant 
 c.2547del 
 p.Ser850ProfsTer82 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R014 
 translocation 
  
  
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R015 
 frameshift_variant 
 c.1402dup 
 p.Cys468LeufsTer49 
 De novo 
  
  
 GEN824R016 
 frameshift_variant 
 c.2229del 
 p.Ser744ProfsTer188 
 De novo 
  
  
 GEN824R017 
 stop_gained 
 c.3814C>T 
 p.Arg1272Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R018 
 stop_gained 
 c.2644C>T 
 p.Gln882Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R019 
 frameshift_variant 
 c.1453del 
 p.Leu485TrpfsTer14 
 De novo 
  
  
 GEN824R020 
 frameshift_variant 
 c.1162del 
 p.Asp388IlefsTer64 
 De novo 
  
  
 GEN824R021 
 stop_gained 
 c.1706C>T 
 p.Ala569Val 
 De novo 
  
  
 GEN824R022 
 stop_gained 
 c.2062C>T 
 p.Arg688Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R023 
 stop_gained 
 c.2908C>T 
 p.Gln970Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R024 
 frameshift_variant 
 c.1624del 
 p.Ile542PhefsTer43 
 De novo 
  
  
 GEN824R025 
 stop_gained 
 c.2908C>T 
 p.Gln970Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R026 
 stop_gained 
 c.784C>T 
 p.Gln262Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R027 
 stop_gained 
 c.3989C>A 
 p.Ser1330Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R028 
 frameshift_variant 
 c.1348del 
 p.Glu450SerfsTer2 
 De novo 
  
  
 GEN824R029 
 stop_gained 
 c.1706C>T 
 p.Ala569Val 
 De novo 
  
  
 GEN824R030 
 frameshift_variant 
 c.1306_1307del 
 p.Pro436ThrfsTer80 
 De novo 
  
  
 GEN824R031 
 stop_gained 
 c.2706C>G 
 p.Ser902Arg 
 De novo 
  
  
 GEN824R032 
 stop_gained 
 c.2473C>T 
 p.Gln825Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R033 
 frameshift_variant 
 c.3427dup 
 p.Leu1143ProfsTer23 
 De novo 
  
  
 GEN824R034 
 frameshift_variant 
 c.1818dup 
 p.Asp607ArgfsTer36 
 De novo 
  
  
 GEN824R035 
 stop_gained 
 c.692C>T 
 p.Pro231Leu 
 De novo 
  
  
 GEN824R036 
 copy_number_loss 
  
  
 Unknown 
  
  
 GEN824R037 
 stop_gained 
 c.979C>T 
 p.Gln327Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN824R038 
 frameshift_variant 
 c.4288dup 
 p.Gln1430ProfsTer51 
 De novo 
  
  
 GEN824R039 
 missense_variant 
 c.3805C>T 
 p.Arg1269Trp 
 De novo 
  
  
 GEN824R040 
 missense_variant 
 c.1819G>A 
 p.Asp607Asn 
 De novo 
  
  
 GEN824R041 
 missense_variant 
 c.1231G>A 
 p.Gly411Ser 
 De novo 
  
  
 GEN824R042 
 missense_variant 
 c.2866C>T 
 p.Arg956Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN824R043 
 missense_variant 
 c.2002C>T 
 p.Arg668Cys 
 Unknown 
  
  
 GEN824R044 
 missense_variant 
 c.3331C>T 
 p.Arg1111Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN824R045 
 frameshift_variant 
 c.2188del 
 p.Glu730ArgfsTer2 
 Unknown 
  
  
 GEN824R046 
 frameshift_variant 
 c.677_680dup 
 p.Glu228ProfsTer4 
 Unknown 
  
  
 GEN824R047 
 stop_gained 
 c.2448C>A 
 p.Tyr816Ter 
 Unknown 
  
  
 GEN824R048 
 missense_variant 
 c.2495G>A 
 p.Arg832His 
 Unknown 
  
  
 GEN824R049 
 missense_variant 
 c.3331C>T 
 p.Arg1111Trp 
 Unknown 
  
  
 GEN824R050 
 frameshift_variant 
 c.807del 
 p.Glu270SerfsTer19 
 De novo 
  
  
 GEN824R051 
 frameshift_variant 
 c.1122del 
 p.Pro376LeufsTer76 
 De novo 
  
  
 GEN824R052 
 frameshift_variant 
 c.1788_1789del 
 p.Gln598AlafsTer44 
 De novo 
  
  
 GEN824R053 
 frameshift_variant 
 c.2248_2249del 
 p.Leu750ValfsTer17 
 De novo 
  
  
 GEN824R054 
 stop_gained 
 c.2773C>T 
 p.Arg925Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R055 
 stop_gained 
 c.1759C>T 
 p.Arg587Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R056 
 frameshift_variant 
 c.3019_3020insAGCCT 
 p.Ser1007LysfsTer137 
 De novo 
  
  
 GEN824R057 
 stop_gained 
 c.2188G>T 
 p.Glu730Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R058 
 stop_gained 
 c.2188G>T 
 p.Glu730Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R059 
 frameshift_variant 
 c.2520del 
 p.Arg841AlafsTer91 
 De novo 
  
  
 GEN824R060 
 frameshift_variant 
 c.643dup 
 p.Ser215LysfsTer16 
 De novo 
  
  
 GEN824R061 
 stop_gained 
 c.979C>T 
 p.Gln327Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R062 
 frameshift_variant 
 c.1122dup 
 p.Gly375ArgfsTer3 
 De novo 
  
  
 GEN824R063 
 frameshift_variant 
 c.1446del 
 p.Val483TyrfsTer16 
 De novo 
  
  
 GEN824R064 
 stop_gained 
 c.1759C>T 
 p.Arg587Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R065 
 stop_gained 
 c.2188G>T 
 p.Glu730Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R066 
 stop_gained 
 c.2188G>T 
 p.Glu730Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R067 
 frameshift_variant 
 c.2373_2374del 
 p.Cys791TrpfsTer57 
 De novo 
  
  
 GEN824R068 
 stop_gained 
 c.2473C>T 
 p.Gln825Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R069 
 frameshift_variant 
 c.2849del 
 p.Pro950ArgfsTer192 
 De novo 
  
  
 GEN824R070 
 stop_gained 
 c.2932C>T 
 p.Gln978Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R071 
 stop_gained 
 c.3204C>G 
 p.Tyr1068Ter 
 De novo 
  
  
 GEN824R072 
 stop_gained 
 c.3446C>T 
 p.Thr1149Ile 
 De novo 
  
  
 GEN824R073 
 frameshift_variant 
 c.4438del 
 p.Glu1480LysfsTer67 
 De novo 
  
  
 GEN824R074 
 frameshift_variant 
 c.514dup 
 p.Ser172LysfsTer8 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R075 
 stop_gained 
 c.2062C>T 
 p.Arg688Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R076 
 frameshift_variant 
 c.1814_1819delinsT 
 p.Ala605ValfsTer36 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R077 
 missense_variant 
 c.139C>T 
 p.Pro47Ser 
 De novo 
  
  
 GEN824R078 
 missense_variant 
 c.1459C>T 
 p.Arg487Trp 
 De novo 
  
  
 GEN824R079 
 missense_variant 
 c.1610G>A 
 p.Gly537Asp 
 De novo 
  
  
 GEN824R080 
 missense_variant 
 c.1642G>A 
 p.Gly548Ser 
 De novo 
  
  
 GEN824R081 
 missense_variant 
 c.1646G>A 
 p.Arg549His 
 De novo 
  
  
 GEN824R082 
 missense_variant 
 c.1819G>A 
 p.Asp607Asn 
 De novo 
  
  
 GEN824R083 
 missense_variant 
 c.2374G>C 
 p.Gly792Arg 
 De novo 
  
  
 GEN824R084 
 missense_variant 
 c.4042T>C 
 p.Ser1348Pro 
 De novo 
  
  
 GEN824R085 
 missense_variant 
 c.4370A>G 
 p.Asp1457Gly 
 De novo 
  
  
 GEN824R086 
 missense_variant 
 c.4432C>T 
 p.Pro1478Ser 
 Unknown 
  
  
 GEN824R087 
 synonymous_variant 
 c.648C>T 
 p.Pro216%3D 
 Unknown 
  
  
 GEN824R088 
 synonymous_variant 
 c.2649G>A 
 p.Arg883%3D 
 Unknown 
  
  
 GEN824R089 
 synonymous_variant 
 c.4065C>T 
 p.Ser1355%3D 
 Unknown 
  
  
 GEN824R090 
 frameshift_variant 
 c.1481_1482del 
 p.Lys494SerfsTer22 
 De novo 
  
  
 GEN824R091 
 stop_gained 
 c.994C>T 
 p.Gln332Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R092 
 frameshift_variant 
 c.1206del 
 p.Arg403AlafsTer49 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R093 
 frameshift_variant 
 c.1758del 
 p.Lys586AsnfsTer37 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R094 
 frameshift_variant 
 c.2192dup 
 p.Asp732ArgfsTer36 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN824R095 
 stop_gained 
 c.2188G>T 
 p.Glu730Ter 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R096 
 frameshift_variant 
 c.4289dup 
 p.Ala1432GlyfsTer49 
 De novo 
  
  
 GEN824R097 
 frameshift_variant 
 c.1446del 
 p.Val483TyrfsTer16 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R098 
 frameshift_variant 
 c.1102_1114del 
 p.Cys368AlafsTer80 
 De novo 
  
 Multiplex 
 GEN824R099 
 frameshift_variant 
 c.1181_1182del 
 p.Cys394SerfsTer122 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R100 
 synonymous_variant 
 c.4431G>A 
 p.Pro1477%3D 
 De novo 
  
  
 GEN824R101 
 synonymous_variant 
 c.3849G>A 
 p.Lys1283%3D 
 De novo 
  
  
 GEN824R102 
 inframe_insertion 
 c.3265_3270dup 
 p.Ser1090_Ser1091dup 
 De novo 
  
  
 GEN824R103 
 missense_variant 
 c.3233C>T 
 p.Ala1078Val 
 De novo 
  
  
 GEN824R104 
 synonymous_variant 
 c.2526G>A 
 p.Ser842%3D 
 De novo 
  
 Simplex 
 GEN824R105 
 frameshift_variant 
 c.1122dup 
 p.Gly375ArgfsTer3 
 De novo 
  
  
 GEN824R106 
 stop_gained 
 c.877G>T 
 p.Glu293Ter 
 Unknown 
 Not maternal 
  
 GEN824R107 
 missense_variant 
 c.1639C>T 
 p.Arg547Cys 
 De novo 
  
  
 GEN824R108 
 missense_variant 
 c.244G>A 
 p.Asp82Asn 
 Unknown 
  
 Simplex 
 GEN824R109 
 stop_gained 
 c.3814C>T 
 p.Arg1272Ter 
 De novo 
  
  
  et al.  
 GEN824R110 
 frameshift_variant 
 c.3313del 
 p.Ala1105LeufsTer37 
 Unknown 
  
  
  et al.  

Common

No Common Variants Available
Chromosome
CNV Locus
CNV Type
# of studies
Animal Model
1
Deletion
 6
 
1
Duplication
 1
 
1
Deletion
 3
 

No Animal Model Data Available

 

No Interactions Available
HELP
Copyright © 2017 MindSpec, Inc.